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- PDB-1f0p: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ANTIGEN 85B WITH TREHALOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f0p
タイトルMYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ANTIGEN 85B WITH TREHALOSE
要素ANTIGEN 85-B
キーワードTRANSFERASE / MYCOLYL TRANSFERASE / ANTIGEN 85B / TREHALOSE BINDING / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / regulation of growth rate / positive regulation of plasminogen activation / cell wall / response to host immune response / zymogen binding ...trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / regulation of growth rate / positive regulation of plasminogen activation / cell wall / response to host immune response / zymogen binding / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / fibronectin binding / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85B / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85B
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Anderson, D.H. / Harth, G. / Horwitz, M.A. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: An interfacial mechanism and a class of inhibitors inferred from two crystal structures of the Mycobacterium tuberculosis 30 kDa major secretory protein (Antigen 85B), a mycolyl transferase.
著者: Anderson, D.H. / Harth, G. / Horwitz, M.A. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Secreted Form of Antigen 85C Reveals Potential Targets for Mycobacterial Drugs and Vaccines
著者: Ronning, D.R. / Klabunde, T. / Besra, G.S. / Vissa, V.D. / Belisle, J.T. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIGEN 85-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9147
ポリマ－30,6801
非ポリマー1,2346
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.210, 73.210, 92.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-551-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ANTIGEN 85-B


分子量: 30680.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: PSMT3 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P31952, UniProt: P9WQP1*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
解説: APO AND TREHALOSE CRYSTALS ARE ISOMORPHOUS. TREHALOSE BINDING SITES WERE LOCATED BY FO-FO DIFFERENCE FOURIER.
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, MPD, MES, trehalose, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.6-0.7 Mammonium sulfate1reservoir
222.5 %MPD1reservoir
30.05 MNa-MES1reservoir
437 %trehalose1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月6日 / 詳細: PARABOLIC COLLIMATING MIR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 23441 / Num. obs: 23441 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 2310 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
SHELXL-97位相決定
精密化開始モデル: APO ANTIGEN 85B (PDB CODE 1F0N)

1f0n


解像度: 1.9→20 Å / Num. parameters: 9849 / Num. restraintsaints: 9291 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): -3
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER SPECIAL CASES: 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD) IS RESTRAINED TO MATCH PDB CODE 3AL1; 2-(4-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID (MES) IS RESTRAINED TO MATCH ...立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER SPECIAL CASES: 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD) IS RESTRAINED TO MATCH PDB CODE 3AL1; 2-(4-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID (MES) IS RESTRAINED TO MATCH PDB CODE 3CHB; TREHALOSE IS RESTRAINED TO MATCH CAMBRIDGE STRUCTURAL DATA BASE CODE DEKYEX.
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1177 5 %RANDOM (CCP4 UNIQUEIFY)
Rwork0.1916 ---
all0.194 23077 --
obs0.194 23077 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2447.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 58 247 2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0239
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.285 / Rfactor Rwork: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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