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- PDB-5o8f: Structure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o8f
タイトルStructure of a chimaeric beta3-alpha5 GABAA receptor in complex with nanobody Nb25 and pregnanolone
要素
  • (Nanobody Nb25) x 2
  • Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GABAA receptor / Pregnanolone / Nanobody complex / Neurosteroid / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly ...inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity / cochlea development / neuronal cell body membrane / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / associative learning / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / behavioral fear response / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / presynaptic membrane / signaling receptor activity / postsynapse / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 5 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pregnanolone / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Miller, P.S. / Scott, S. / Masiulis, S. / De Colibus, L. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Aricescu, A.R.
資金援助 英国, フランス, 6件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M024709/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009609/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/15 英国
Wellcome Trust105247/Z/14/Z 英国
Human Frontier Science ProgramRGP0065/2014 フランス
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for GABAA receptor potentiation by neurosteroids.
著者: Miller, P.S. / Scott, S. / Masiulis, S. / De Colibus, L. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Aricescu, A.R.
履歴
登録2017年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
B: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
D: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
E: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5
K: Nanobody Nb25
L: Nanobody Nb25
M: Nanobody Nb25
N: Nanobody Nb25
O: Nanobody Nb25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,31725
ポリマ－276,44310
非ポリマー8,87415
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47110 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area84190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)290.102, 290.102, 290.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15B
25C
16B
26D
17B
27E
18C
28D
19C
29E
110D
210E
111O
211N
112O
212M
113O
213L
114O
214K
115N
215M
116N
216L
117N
217K
118M
218L
119M
219K
120L
220K

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEUAA9 - 41812 - 343
21METMETLEULEUBB9 - 41812 - 343
12METMETLEULEUAA9 - 41812 - 343
22METMETLEULEUCC9 - 41812 - 343
13METMETLEULEUAA9 - 41812 - 343
23METMETLEULEUDD9 - 41812 - 343
14METMETLEULEUAA9 - 41812 - 343
24METMETLEULEUEE9 - 41812 - 343
15METMETLEULEUBB9 - 41812 - 343
25METMETLEULEUCC9 - 41812 - 343
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17METMETLEULEUBB9 - 41812 - 343
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18METMETLEULEUCC9 - 41812 - 343
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19METMETLEULEUCC9 - 41812 - 343
29METMETLEULEUEE9 - 41812 - 343
110METMETLEULEUDD9 - 41812 - 343
210METMETLEULEUEE9 - 41812 - 343
111GLNGLNVALVALOJ1 - 1231 - 123
211GLNGLNVALVALNI1 - 1231 - 123
112GLNGLNVALVALOJ1 - 1231 - 123
212GLNGLNVALVALMH1 - 1231 - 123
113GLNGLNVALVALOJ1 - 1231 - 123
213GLNGLNVALVALLG1 - 1231 - 123
114GLNGLNSERSEROJ1 - 1251 - 125
214GLNGLNSERSERKF1 - 1251 - 125
115GLNGLNSERSERNI1 - 1241 - 124
215GLNGLNSERSERMH1 - 1241 - 124
116GLNGLNSERSERNI1 - 1241 - 124
216GLNGLNSERSERLG1 - 1241 - 124
117GLNGLNVALVALNI1 - 1231 - 123
217GLNGLNVALVALKF1 - 1231 - 123
118GLNGLNSERSERMH1 - 1241 - 124
218GLNGLNSERSERLG1 - 1241 - 124
119GLNGLNVALVALMH1 - 1231 - 123
219GLNGLNVALVALKF1 - 1231 - 123
120GLNGLNVALVALLG1 - 1231 - 123
220GLNGLNVALVALKF1 - 1231 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20

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要素

-
抗体 , 2種, 5分子 KOLMN

#2: 抗体 Nanobody Nb25


分子量: 13673.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Nanobody Nb25


分子量: 13585.947 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 10分子 ABCDE

#1: タンパク質
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 / GABA(A) receptor subunit beta-3 / GABA(A) receptor subunit alpha-5 / GABA(A) receptor subunit alpha-5


分子量: 41667.887 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This is a chimaeric construct, containing the secretion signal sequence from pHLsec vector (PMID: 17001101), the extracellular region of human GBRB3 (mature polypeptide residues 1-217 from ...詳細: This is a chimaeric construct, containing the secretion signal sequence from pHLsec vector (PMID: 17001101), the extracellular region of human GBRB3 (mature polypeptide residues 1-217 from Uniprot P28472), the transmembrane region from human GBRA5 (mature polypeptide residues 226-431 from Uniprot P31644 with the exception of the M3-M4 loop, residues 316-392, which were substituted by SQPARAA) and a C-terminal Rho-1D4 purification tag (TETSQVAPA).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABRB3, GABRA5 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28472, UniProt: P31644
#6: 化合物
ChemComp-P9N / Pregnanolone / (3alpha,5beta)-3-Hydroxypregnan-20-one / プレグナノロン


分子量: 318.493 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34O2 / コメント: 阻害剤*YM

-
糖 , 2種, 10分子

#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 14% PEG 6000, 0.1M N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA), 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-beta-D-Maltoside (CYMAL-4)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→49.752 Å / Num. obs: 66928 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 30.4 % / Biso Wilson estimate: 68.2 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.621 / Rpim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.19→3.31 Å / 冗長度: 25.5 % / Rmerge(I) obs: 3.131 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6677 / CC1/2: 0.215 / Rpim(I) all: 0.609 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4COF

4cof


解像度: 3.2→205.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 60.029 / SU ML: 0.414 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 3304 4.9 %RANDOM
Rwork0.23246 ---
obs0.23296 63621 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→205.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18217 0 600 0 18817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01919337
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1211.93126301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.895340890
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.369153032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.66415140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.23022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0220869
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0955.2129118
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A219360.05
12B219360.05
21A219300.05
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51B219560.04
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72E219880.05
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82D220420.04
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121O72660.07
122M72660.07
131O72740.06
132L72740.06
141O73800.07
142K73800.07
151N72780.08
152M72780.08
161N72680.08
162L72680.08
171N72560.08
172K72560.08
181M72400.08
182L72400.08
191M72520.07
192K72520.07
201L71860.07
202K71860.07
LS精密化 シェル解像度: 3.195→3.278 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 214 -
Rwork0.372 4695 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87970.13681.42060.39890.20972.25040.0389-0.0077-0.01620.0413-0.09040.14220.2989-0.10610.05150.1226-0.01980.02730.0264-0.03380.054635.9123278.7602382.2627
21.4058-0.36051.1420.7817-0.50881.7413-0.0871-0.14070.26690.0569-0.10820.150.0428-0.20570.19520.08810.00120.03480.1093-0.05670.144937.4752303.9261381.2973
30.991-0.23690.70260.5092-0.50452.7765-0.01460.07670.26350.0162-0.08370.0295-0.11040.09250.09830.1225-0.02580.01510.03270.00070.092158.2877309.9506368.276
41.00440.03580.85320.59220.20312.94950.01520.1460.1472-0.1254-0.0884-0.0710.08440.25150.07310.0948-0.01440.03710.08730.0180.038369.5982288.4662361.2634
51.45520.44871.34930.72530.63682.69750.03560.0824-0.0668-0.0639-0.0397-0.02620.28190.09330.00410.11690.02980.04140.0427-0.00930.030455.7599269.1941369.9225
64.12452.5276-1.45734.1441-0.4693.74920.0229-0.1549-0.0260.4141-0.04210.13310.0884-0.07270.01920.30140.0313-0.0660.0346-0.01560.047733.6776249.9818380.6329
72.1277-1.3359-0.95565.0849-0.27882.9613-0.1193-0.1056-0.29620.3192-0.0465-0.02190.22150.2010.16580.13290.06130.01050.2930.00240.053777.2709259.5546353.4804
84.6405-0.156-1.84113.1541-0.68943.7-0.1426-0.1703-0.08010.088-0.0256-0.53220.05150.22170.16820.0998-0.039-0.05990.18930.04810.11982.9362311.3759349.8029
94.40120.3219-0.05075.231-1.00211.8980.113-0.29760.34820.1843-0.0301-0.5138-0.21440.2577-0.08280.16210.0269-0.0550.1293-0.070.136142.9615333.5988374.7114
105.4952-0.6591-1.20473.98041.31772.67260.042-0.30930.33740.32620.00840.054-0.12250.0163-0.05040.1095-0.057-0.01690.1803-0.02220.044412.3127295.8199393.7183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 508
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 508
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 508
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 508
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 508
6X-RAY DIFFRACTION6O1 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7N1 - 124
8X-RAY DIFFRACTION8M1 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9L1 - 124
10X-RAY DIFFRACTION10K1 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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