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- PDB-5nah: Pseudomonas fluorescens kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nah
タイトルPseudomonas fluorescens kynurenine 3-monooxygenase (KMO) in complex with 3-{5-chloro-6-[(1R)-1-(6-methylpyridazin-3-yl)ethoxy]-1,2-benzoxazol-3-yl}propanoic acid
要素Kynurenine 3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / KMO
機能・相同性
機能・相同性情報


kynurenine 3-monooxygenase / kynurenine 3-monooxygenase activity / kynurenine metabolic process / anthranilate metabolic process / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / quinolinate biosynthetic process / L-tryptophan catabolic process / NAD+ metabolic process / NAD+ biosynthetic process / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Kynurenine 3-monooxygenase / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8RB / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Kynurenine 3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rowland, P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic basis of differentiated inhibitors of the acute pancreatitis target kynurenine-3-monooxygenase.
著者: Hutchinson, J.P. / Rowland, P. / Taylor, M.R.D. / Christodoulou, E.M. / Haslam, C. / Hobbs, C.I. / Holmes, D.S. / Homes, P. / Liddle, J. / Mole, D.J. / Uings, I. / Walker, A.L. / Webster, S.P. ...著者: Hutchinson, J.P. / Rowland, P. / Taylor, M.R.D. / Christodoulou, E.M. / Haslam, C. / Hobbs, C.I. / Holmes, D.S. / Homes, P. / Liddle, J. / Mole, D.J. / Uings, I. / Walker, A.L. / Webster, S.P. / Mowat, C.G. / Chung, C.W.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kynurenine 3-monooxygenase
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8706
ポリマ－101,5752
非ポリマー2,2954
水14,844824
1
A: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9353
ポリマ－50,7881
非ポリマー1,1472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kynurenine 3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9353
ポリマ－50,7881
非ポリマー1,1472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.870, 51.980, 136.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Kynurenine 3-monooxygenase / PfKMO / Kynurenine 3-hydroxylase


分子量: 50787.516 Da / 分子数: 2 / 変異: C252S C461S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: kmo, qbsG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84HF5, kynurenine 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-8RB / 3-[5-chloranyl-6-[(1~{R})-1-(6-methylpyridazin-3-yl)ethoxy]-1,2-benzoxazol-3-yl]propanoic acid


分子量: 361.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16ClN3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 824 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% glycerol, 14.4% PEG 8000, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16 M calcium acetate or 20% glycerol, 16% PEG 8000, 0.08M sodium cacodylate pH 6.5, 0.16M magnesium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→49 Å / Num. obs: 95918 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 29.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 9341 / CC1/2: 0.611 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.75→44.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9621 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9518 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2033 3774 3.94 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
obs0.1767 95896 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0753 Å20 Å2-1.1249 Å2
2---1.2313 Å20 Å2
3----0.844 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→44.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6991 0 156 824 7971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9610009HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2534SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1210HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion936SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9384SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 259 3.67 %
Rwork0.2334 6795 -
all0.2343 7054 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68740.14030.01580.77860.03990.5635-0.03850.0523-0.0004-0.122200.053-0.0641-0.02720.0385-0.05440.0162-0.0133-0.0479-0.0268-0.07385.9808-37.47250.3912
20.9574-0.1672-0.13310.8594-0.02290.5142-0.0729-0.1576-0.01440.17520.0554-0.0066-0.04270.05340.0175-0.05780.00270.0011-0.07740.0105-0.0771-21.7304-8.574315.9902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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