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Yorodumi- PDB-5myt: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5myt | ||||||
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Title | Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound GSK921295A at 1.61A resolution | ||||||
Components | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / EthR / Mycobacterium tuberculosis / repressor | ||||||
Function / homology | Function and homology information transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Mugumbate, G. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Front Pharmacol / Year: 2017 Title: Target Identification of Mycobacterium tuberculosis Phenotypic Hits Using a Concerted Chemogenomic, Biophysical, and Structural Approach. Authors: Mugumbate, G. / Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Sabbah, M. / Papadatos, G. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Barros, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Overington, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5myt.cif.gz | 93.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5myt.ent.gz | 70.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5myt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5myt_validation.pdf.gz | 692.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5myt_full_validation.pdf.gz | 693.6 KB | Display | |
Data in XML | 5myt_validation.xml.gz | 10.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5myt_validation.cif.gz | 14.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5mxvC 5mylC 5mymC 5mynC 5myrC 5mysC 5mywC 1t56S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25259.254 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: ethR, etaR, Rv3855 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WMC1 |
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#2: Chemical | ChemComp-ZQC / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.7 to 2.1 ammonium sulfate 0.1M MES (pH 6 to 7) 5 to 15%(v/v) glycerol 7 to 12%(v/v) 1,4-dioxane PH range: pH range 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→38.316 Å / Num. all: 32287 / Num. obs: 32287 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 20.3 / Num. measured all: 375730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1T56 Resolution: 1.61→38.316 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.91
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 107.31 Å2 / Biso mean: 38.3314 Å2 / Biso min: 14.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.61→38.316 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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