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Yorodumi- PDB-5myr: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5myr | ||||||
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Title | Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound GSK735816A at 1.83A resolution | ||||||
Components | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / EthR / Mycobacterium tuberculosis / represor | ||||||
Function / homology | Function and homology information transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.828 Å | ||||||
Authors | Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Mugumbate, G. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Front Pharmacol / Year: 2017 Title: Target Identification of Mycobacterium tuberculosis Phenotypic Hits Using a Concerted Chemogenomic, Biophysical, and Structural Approach. Authors: Mugumbate, G. / Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Sabbah, M. / Papadatos, G. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Barros, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Overington, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5myr.cif.gz | 94.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5myr.ent.gz | 71.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5myr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/5myr | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5mxvC 5mylC 5mymC 5mynC 5mysC 5mytC 5mywC 1t56S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25259.254 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: ethR, etaR, Rv3855 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WMC1 |
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#2: Chemical | ChemComp-UDY / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.7 to 2.1 ammonium sulfate 0.1M MES (pH 6 to 7) 5 to 15%(v/v) glycerol 7 to 12%(v/v) 1,4-dioxane PH range: pH range 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.828→121.363 Å / Num. all: 22975 / Num. obs: 22975 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 27.11 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.107 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 290306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1T56 Resolution: 1.828→85.817 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.63
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.74 Å2 / Biso mean: 39.2909 Å2 / Biso min: 15.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.828→85.817 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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