[日本語] English
万見
- PDB-5mym: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mym
タイトルStructure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound GSK2032710A at 2.28A resolution
要素HTH-type transcriptional regulator EthR
キーワードTRANSCRIPTION / EthR / Mycobacterium tuberculosis / represor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HYV / HTH-type transcriptional regulator EthR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Mugumbate, G. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: Front Pharmacol / 年: 2017
タイトル: Target Identification of Mycobacterium tuberculosis Phenotypic Hits Using a Concerted Chemogenomic, Biophysical, and Structural Approach.
著者: Mugumbate, G. / Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Sabbah, M. / Papadatos, G. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Barros, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Overington, J.P.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
B: HTH-type transcriptional regulator EthR
C: HTH-type transcriptional regulator EthR
D: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,15610
ポリマ－101,0374
非ポリマー1,1196
水4,576254
1
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
B: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0785
ポリマ－50,5192
非ポリマー5603
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator EthR
D: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0785
ポリマ－50,5192
非ポリマー5603
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.622, 56.481, 98.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.010, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 17 and (name O or name...
21(chain D and ((resid 17 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHR(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA1721
12GLUGLU(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA17 - 21421 - 218
13GLUGLU(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA17 - 21421 - 218
14GLUGLU(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA17 - 21421 - 218
15GLUGLU(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA17 - 21421 - 218
16GLUGLU(chain A and ((resid 17 and (name O or name...AA17 - 21421 - 218
21THRTHR(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD1721
22GLUGLU(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD17 - 21421 - 218
23GLUGLU(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD17 - 21421 - 218
24GLUGLU(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD17 - 21421 - 218
25GLUGLU(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD17 - 21421 - 218
26GLUGLU(chain D and ((resid 17 and (name N or name...DD17 - 21421 - 218

-
要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量: 25259.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMC1
#2: 化合物 ChemComp-HYV / [4-(phenylmethyl)piperidin-1-yl]-[1-(5-pyrrol-1-yl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)piperidin-4-yl]methanone


分子量: 435.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H29N5OS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.02M Sodium/potassium phosphate 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→98.19 Å / Num. obs: 43150 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 146825 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.28-2.43.40.5510.7560.3520.65698.5
7.2-98.193.20.0240.9990.0160.02997.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.28 Å98.19 Å
Translation2.28 Å98.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.5.15データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T56

1t56


解像度: 2.28→98.188 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 2173 5.04 %
Rwork0.1749 --
obs0.1776 43140 98.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.93 Å2 / Biso mean: 46.5863 Å2 / Biso min: 21.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→98.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6117 0 78 254 6449
Biso mean--67.07 47.89 -
残基数----796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9858624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.453766
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1798X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
12D1798X-RAY DIFFRACTION8.431TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2776-2.32710.31161470.23962510265799
2.3271-2.38130.27651120.22662583269598
2.3813-2.44080.277990.21182541264098
2.4408-2.50680.23871560.20042508266498
2.5068-2.58060.27321440.20042574271898
2.5806-2.66390.27561220.19432518264098
2.6639-2.75910.2431450.18492541268699
2.7591-2.86960.26411550.19482508266398
2.8696-3.00020.32151460.19722572271899
3.0002-3.15840.22671330.19692566269999
3.1584-3.35630.24981340.19032566270099
3.3563-3.61540.2231480.16782537268598
3.6154-3.97930.20911160.16242620273698
3.9793-4.55510.18531520.142578273099
4.5551-5.73890.21651310.15692607273898
5.7389-98.27930.18081330.16192638277197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6947-1.0553-2.00166.0317-0.99227.7597-0.0153-0.47250.2418-0.06740.19420.0388-0.2031-0.0991-0.23710.26670.0147-0.07520.3029-0.03380.3513.1416-46.109134.9542
24.87943.59492.28236.55152.23322.65790.10870.29870.1007-0.0221-0.16050.17240.0116-0.29890.06590.24610.01980.01220.2640.0810.261911.9463-40.593931.2744
35.54251.389-0.85364.13290.91544.1710.2453-0.9483-0.16411.0612-0.4481-0.24970.42610.15640.17610.58610.00670.00920.42730.11290.306624.513-25.143147.8062
45.9203-3.24665.06696.2328-3.37144.349-0.27050.44150.0524-0.0799-0.3091-0.2068-0.42180.29570.61510.4024-0.06040.01970.35170.03380.297818.8721-31.470128.0468
52.2471.12992.00445.04423.76457.13410.2688-0.45850.12070.622-0.4990.46180.4954-0.81070.13280.320.01440.04090.3110.02090.34915.368-15.561442.537
64.5443-1.0694-0.92675.20081.5575.08070.0319-0.1986-0.23270.1917-0.0509-0.28950.41490.1015-0.03450.296-0.02130.00760.25770.03520.266628.2273-19.123538.4929
71.7991-1.6316-0.47535.06851.03148.62470.14980.0973-0.1281-0.1948-0.20880.064-0.0684-0.8340.14350.2788-0.012-0.03870.3942-0.02630.262622.6772-12.4591-1.1004
88.81295.36786.71245.67626.82978.8055-0.14280.55020.1045-0.34780.1821-0.14460.06060.5853-0.00790.4008-0.02330.05590.33910.07870.266532.7681-10.377913.4718
93.4994-1.4213-0.11323.1938-1.6096.52820.091-0.28870.75340.4029-0.1631-0.2272-1.07190.3620.11330.4629-0.05010.07890.24860.00020.420733.6074-1.300628.6814
106.49221.37833.90042.60661.70078.51120.24860.0955-0.5485-0.13050.1303-0.28770.43560.2169-0.40740.28080.0320.07810.24650.00680.276132.995-15.580322.4979
114.3866-0.79140.97082.8532-0.13035.0694-0.0847-0.26840.1140.02480.1286-0.0025-0.0430.0299-0.05120.2662-0.02650.03860.25550.00980.247129.3505-10.591934.6218
12-0.001-0.00950.0165-0.03020.01060.0146-0.1079-2.00380.11970.72090.1261-0.5370.3278-0.5552-0.20040.50720.1128-0.04830.89670.26041.27755.8902-53.946856.4763
132.74510.41591.48685.528-0.49433.65140.1186-0.10560.24550.3067-0.24280.24890.1576-0.80710.13820.32720.02830.04380.4927-0.02610.289-22.2544-47.092149.6427
144.1924-4.7067-6.11726.50776.24789.39810.0475-0.5913-0.2480.0967-0.03080.0601-0.2990.5513-0.01980.40860.016-0.03520.410.04110.3411-10.573-49.596335.6111
153.841.14713.57022.798-0.95085.98980.29280.3609-0.8846-0.5449-0.1794-0.36861.20950.5999-0.19670.49510.0911-0.03610.25280.01040.4903-9.6955-58.765320.4497
165.9719-1.1356-3.60352.52091.32328.72670.2038-0.14280.48270.11970.1234-0.3043-0.38770.2485-0.37310.2628-0.0095-0.08210.22260.01390.298-10.3343-44.392626.5676
174.38041.0133-1.24113.1005-0.28555.6059-0.0490.2814-0.0869-0.00370.1115-0.06920.05240.0763-0.06190.22390.0266-0.04810.2361-0.00620.2254-13.9589-49.390214.4683
184.7917-1.2576-0.68515.0407-0.53943.80750.0274-0.23920.1660.21780.2041-0.22030.0233-0.2069-0.26250.3185-0.01230.03210.3292-0.04930.3684-31.3268-13.109120.3382
191.4012-1.3404-0.59795.66641.82120.85290.00610.2157-0.024-0.3713-0.18270.3542-0.0663-0.17660.20560.3526-0.0199-0.050.36970.04790.3155-25.9468-35.69658.0332
204.45780.79240.75524.63951.17264.86570.03680.20980.4446-0.0714-0.0795-0.1954-0.26240.15150.02090.29510.0166-0.00070.26760.02750.28-15.0779-40.690210.7027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 38 )A17 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 92 )A39 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 116 )A93 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 131 )A117 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 167 )A132 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 168 through 214 )A168 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 15 through 67 )B15 - 67
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 68 through 92 )B68 - 92
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 115 )B93 - 115
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 116 through 158 )B116 - 158
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 159 through 214 )B159 - 214
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 10 through 19 )C10 - 19
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 20 through 67 )C20 - 67
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 68 through 92 )C68 - 92
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 93 through 115 )C93 - 115
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 116 through 158 )C116 - 158
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 159 through 214 )C159 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 17 through 67 )D17 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 68 through 167 )D68 - 167
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 168 through 214 )D168 - 214

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る