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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mnq | ||||||
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タイトル | Cationic trypsin in complex with a derivative of N-amidinopiperidine | ||||||
要素 | Cationic trypsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE / hydrogen bonding / protonation / protein-ligand interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.337 Å | ||||||
データ登録者 | Schiebel, J. / Ngo, K. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Intriguing role of water in protein-ligand binding studied by neutron crystallography on trypsin complexes. 著者: Schiebel, J. / Gaspari, R. / Wulsdorf, T. / Ngo, K. / Sohn, C. / Schrader, T.E. / Cavalli, A. / Ostermann, A. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mnq.cif.gz | 146.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mnq.ent.gz | 115.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mnq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mnq_validation.pdf.gz | 732.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mnq_full_validation.pdf.gz | 732.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mnq_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mnq_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5mneC 5mnfC 5mngC 5mnhC 5mnnC 5mnoC 5mnzC 5mo0C 5mo2C 5mopC 5moqC 5mosC 4i8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin |
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-非ポリマー , 5種, 244分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-J3I / ( | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.337→47.089 Å / Num. obs: 60257 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.192 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.16 |
反射 シェル | 解像度: 1.337→1.42 Å / 冗長度: 4.088 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I8H 解像度: 1.337→45.352 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.04
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.337→45.352 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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