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- PDB-5mm9: VIM-2_2b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Repla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mm9
タイトルVIM-2_2b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Replacement: Preparation, Activity and Binding
要素Metallo-beta-lactamase VIM-17
キーワードHYDROLASE / inhibition properties / bioisosters / thiols / metallo-beta-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8SH / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Samuelsen, O. / Muhammad, Z. / Leiros, H.-K.S. / Bayer, A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway213808 ノルウェー
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Metallo-beta-lactamase inhibitors by bioisosteric replacement: Preparation, activity and binding.
著者: Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Muhammad, Z. / Lauksund, S. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
履歴
登録2016年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-17
B: Metallo-beta-lactamase VIM-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,24211
ポリマ－51,1932
非ポリマー1,0509
水9,962553
1
A: Metallo-beta-lactamase VIM-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1095
ポリマ－25,5961
非ポリマー5134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase VIM-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1336
ポリマ－25,5961
非ポリマー5375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.109, 79.070, 67.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

21B-761-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-17 / Verona integron-encoded metallo-beta-lactamase


分子量: 25596.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: B5KVR9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8SH / (2~{R})-2-diethoxyphosphoryl-5-phenyl-pentane-1-thiol


分子量: 316.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25O3PS
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22-27 percent polyethylene glycol PEG 3350 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→25 Å / Num. obs: 54949 / % possible obs: 93.58 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 14.84 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 8.16
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / CC1/2: 0.679 / % possible all: 92.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lsc

5lsc


解像度: 1.55→25 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2014 1982 3.61 %
Rwork0.1568 --
obs0.1584 54923 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3488 0 47 553 4088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2765078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3631319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.58880.28151320.25123731X-RAY DIFFRACTION93
1.5888-1.63170.26671450.22723758X-RAY DIFFRACTION93
1.6317-1.67970.25861290.21973650X-RAY DIFFRACTION90
1.6797-1.73390.22831480.18933760X-RAY DIFFRACTION94
1.7339-1.79590.25191480.17913790X-RAY DIFFRACTION95
1.7959-1.86780.20461410.16773816X-RAY DIFFRACTION95
1.8678-1.95270.22551360.16933741X-RAY DIFFRACTION93
1.9527-2.05560.19361380.15143749X-RAY DIFFRACTION93
2.0556-2.18440.17681440.14963859X-RAY DIFFRACTION96
2.1844-2.35290.19911430.14833860X-RAY DIFFRACTION95
2.3529-2.58950.20421460.14643777X-RAY DIFFRACTION93
2.5895-2.96360.20521420.14863880X-RAY DIFFRACTION96
2.9636-3.73190.16691440.13673776X-RAY DIFFRACTION93
3.7319-24.94490.19071460.14533794X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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