PDB-5mhg: Crystal structure of anti-T4 Fab fragment with tetraiodoBPA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mhg

タイトル

Crystal structure of anti-T4 Fab fragment with tetraiodoBPA

要素

(Fab-Fragment) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab-fragment / Ig fold

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / TETRAIODOBISPHENOLA

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Parkkinen, T. / Rouvinen, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of anti-T4 Fab fragment
著者: Parkkinen, T. / Rouvinen, J.

履歴

登録	2016年11月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mhg.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mhg.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mhg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mhg_validation.pdf.gz	456 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mhg_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	5mhg_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	5mhg_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mheSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xcn-2 6wfz-1 4wht-7 5dd1-d 2v17-d 4h20-d 6n16-2 2hwz-d 4xbg-1 4wht-1 5fhb-d 2ai0-3 5ibu-1 1mnu-d 3cfd-2 6dg2-1 2a6i-d 1nd0-3 5l7x-d 6d0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab-Fragment

H: Fab-Fragment

ヘテロ分子

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.767, 56.992, 61.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Fab-Fragment 分子量: 23323.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab-Fragment 分子量: 25367.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-4IB / TETRAIODOBISPHENOLA / 4,4′-イソプロピリデンビス(2,6-ジヨ-ドフェノ-ル) 分子量: 731.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₂I₄O₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 25 % PEG 3350, 0.1 M 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20.09 Å / Num. obs: 11247 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / CC_1/2: 0.53 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MHE

5mhe

解像度: 2.801→20.09 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	563	5.01 %
R_work	0.2211	-	-
obs	0.2245	11240	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→20.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3300	0	26	0	3326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.353	4647
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.984	2039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8009-3.0818	0.4182	136	0.3253	2586	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0818-3.5257	0.3612	141	0.2747	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5257-4.4341	0.2995	142	0.2025	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4341-20.0907	0.22	144	0.1828	2729	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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