[日本語] English
万見
- PDB-5lpm: Crystal structure of the bromodomain of human Ep300 bound to the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lpm
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human Ep300 bound to the inhibitor XDM3d
要素Histone acetyltransferase p300
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / protein-inhibitor complex / epigenetics
機能・相同性
機能・相同性情報


behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / histone H3K122 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity ...behavioral defense response / negative regulation of protein oligomerization / peptidyl-lysine propionylation / histone lactyltransferase (CoA-dependent) activity / peptidyl-lysine crotonylation / peptidyl-lysine butyrylation / histone butyryltransferase activity / swimming / histone H3K122 acetyltransferase activity / peptide butyryltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone H2B acetyltransferase activity / internal protein amino acid acetylation / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / protein propionyltransferase activity / NOTCH2 intracellular domain regulates transcription / thigmotaxis / L-lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / positive regulation of TORC2 signaling / internal peptidyl-lysine acetylation / histone H4 acetyltransferase activity / cellular response to L-leucine / histone H3 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / acetylation-dependent protein binding / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NGF-stimulated transcription / histone H3K18 acetyltransferase activity / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / Polo-like kinase mediated events / host-mediated activation of viral transcription / TGFBR3 expression / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of NFE2L2 gene expression / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / face morphogenesis / platelet formation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of glycolytic process / TRAF6 mediated IRF7 activation / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / protein-lysine-acetyltransferase activity / megakaryocyte development / nuclear androgen receptor binding / protein acetylation / STAT family protein binding / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / acyltransferase activity / FOXO-mediated transcription of cell death genes / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / fat cell differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / PI5P Regulates TP53 Acetylation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / histone acetyltransferase complex / RUNX3 regulates p14-ARF / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of gluconeogenesis / pre-mRNA intronic binding / NF-kappaB binding / Attenuation phase / somitogenesis / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to nutrient levels / histone acetyltransferase activity / skeletal muscle tissue development / : / negative regulation of protein-containing complex assembly / histone acetyltransferase / regulation of cellular response to heat / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / : / positive regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / CD209 (DC-SIGN) signaling / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of autophagy / lung development / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-71Y / ACETATE ION / Histone acetyltransferase p300
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Huegle, M. / Wohlwend, D. / Gerhardt, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationWO2012/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Beyond the BET Family: Targeting CBP/p300 with 4-Acyl Pyrroles.
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Ostrovskyi, D. / Regenass, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Hau, M. / Jung, M. / Breit, B. / Gunther, S. / Wohlwend, D.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase p300
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3309
ポリマ－27,6542
非ポリマー1,6777
水5,981332
1
A: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6955
ポリマ－13,8271
非ポリマー8684
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone acetyltransferase p300
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6364
ポリマ－13,8271
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.861, 81.087, 44.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase p300 / p300 HAT / E1A-associated protein p300


分子量: 13826.797 Da / 分子数: 2 / 断片: bromodomain, UNP residues 1048-1161 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300, P300 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09472, histone acetyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-71Y / ~{N}-[(1~{S},2~{S})-7-chloranyl-2-oxidanyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole -2-carboxamide / I-p300


分子量: 374.861 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23ClN2O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.14 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: NaCl, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月8日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→41.922 Å / Num. obs: 52009 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.37-1.393.70.7320.672179.6
7.49-41.924.30.0270.996194.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å41.92 Å
Translation1.5 Å41.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo-p300

解像度: 1.5→41.922 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1871 1978 4.96 %
Rwork0.1579 --
obs0.1593 39914 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 80.91 Å2 / Biso mean: 25.782 Å2 / Biso min: 12.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→41.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 257 333 2535
Biso mean--28.1 34.76 -
残基数----232
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.6733 Å / Origin y: 21.4205 Å / Origin z: 8.1528 Å
111213212223313233
T0.1586 Å2-0.0079 Å20.0354 Å2-0.1484 Å2-0.0007 Å2--0.1339 Å2
L1.1666 °2-0.3704 °20.6404 °2-0.4627 °2-0.2591 °2--1.1677 °2
S-0.0019 Å °-0.0204 Å °-0.0647 Å °-0.0548 Å °0.0528 Å °0.0114 Å °0.0209 Å °-0.0525 Å °-0.0542 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1046 - 1161
2X-RAY DIFFRACTION1allB1046 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION1allC4 - 8
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 3
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 332

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る