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万見
- PDB-5lig: G-Quadruplex formed at the 5'-end of NHEIII_1 Element in human c-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lig
タイトルG-Quadruplex formed at the 5'-end of NHEIII_1 Element in human c-MYC promoter bound to triangulenium based fluorescence probe DAOTA-M2
要素DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-QUADRUPLEX / C-MYC PROMOTER / LIGAND / DAOTA-M2
機能・相同性Chem-6XM / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kotar, A. / Wang, B. / Shivalingam, A. / Gonzalez-Garcia, J. / Vilar, R. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-242 スロベニア
Slovenian Research AgencyJ1-6733 スロベニア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: NMR Structure of a Triangulenium-Based Long-Lived Fluorescence Probe Bound to a G-Quadruplex.
著者: Kotar, A. / Wang, B. / Shivalingam, A. / Gonzalez-Garcia, J. / Vilar, R. / Plavec, J.
履歴
登録2016年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer
改定 2.02018年3月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0923
ポリマ－6,0711
非ポリマー1,0212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4060 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 6070.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-6XM / 8,12-bis(2-morpholinoethyl)-8H-benzo[ij]xantheno[1,9,8-cdef][2,7]naphthyridin-12-iumhexafluorophosphate


分子量: 510.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H34N4O3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
213anisotropic22D 1H-1H TOCSY
123anisotropic22D 1H-1H TOCSY
231anisotropic12D 1H-1H NOESY
142anisotropic22D 1H-1H NOESY
253anisotropic12D 1H-1H DQF COSY
263anisotropic12D 1H-31P COSY
274anisotropic113C HSQC
284anisotropic115N HSQC
292anisotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.2 mM DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 0.4 mM DAOTA-M2, 90% H2O/10% D2Osample190% H2O/10% D2O
solution20.2 mM DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 100 mM potassium chloride, 10 mM LITHIUM CACODYLATE, 0.4 mM DAOTA-M2, 90% H2O/10% D2Osample290% H2O/10% D2O
solution30.2 mM DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 0.4 mM DAOTA-M2, 100% D2Osample3100% D2O
solution40.2 mM U-8% 15N, U-8 %13C DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 100 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 0.4 mM DAOTA-M2, 90% H2O/10% D2Osample490% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMDNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')natural abundance1
100 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.4 mMDAOTA-M2natural abundance1
0.2 mMDNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')natural abundance2
100 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMLITHIUM CACODYLATEnatural abundance2
0.4 mMDAOTA-M2natural abundance2
0.2 mMDNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')natural abundance3
100 mMpotassium chloridenatural abundance3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
0.4 mMDAOTA-M2natural abundance3
0.2 mMDNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*T)-3')U-8% 15N, U-8 %13C4
100 mMpotassium chloridenatural abundance4
20 mMpotassium phosphatenatural abundance4
0.4 mMDAOTA-M2natural abundance4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1145 mMconditions_171 atm278 K
2140 mMconditions_271 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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