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- PDB-5kz7: Mark2 complex with 7-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-5,5-dimethyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kz7
タイトルMark2 complex with 7-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-5,5-dimethyl-2-(3-pyridylamino)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-one
要素Serine/threonine-protein kinase MARK2
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Mark / Serine/threonine-protein kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / regulation of neurofibrillary tangle assembly / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / establishment of cell polarity ...establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / regulation of neurofibrillary tangle assembly / mitochondrion localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / autophagy of mitochondrion / tau-protein kinase / tau-protein kinase activity / regulation of axonogenesis / establishment of cell polarity / axon development / regulation of cytoskeleton organization / lateral plasma membrane / protein kinase activator activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / actin filament / positive regulation of neuron projection development / peptidyl-serine phosphorylation / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / Wnt signaling pathway / neuron migration / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / lipid binding / dendrite / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Z2 / Serine/threonine-protein kinase MARK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Su, H.P. / Munshi, S.K.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure guided design of a series of selective pyrrolopyrimidinone MARK inhibitors.
著者: Katz, J.D. / Haidle, A. / Childers, K.K. / Zabierek, A.A. / Jewell, J.P. / Hou, Y. / Altman, M.D. / Szewczak, A. / Chen, D. / Harsch, A. / Hayashi, M. / Warren, L. / Hutton, M. / Nuthall, H. ...著者: Katz, J.D. / Haidle, A. / Childers, K.K. / Zabierek, A.A. / Jewell, J.P. / Hou, Y. / Altman, M.D. / Szewczak, A. / Chen, D. / Harsch, A. / Hayashi, M. / Warren, L. / Hutton, M. / Nuthall, H. / Su, H.P. / Munshi, S. / Stanton, M.G. / Davies, I.W. / Munoz, B. / Northrup, A.
履歴
登録2016年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8674
ポリマ－80,1122
非ポリマー7552
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4342
ポリマ－40,0561
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase MARK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4342
ポリマ－40,0561
非ポリマー3771
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.350, 119.350, 98.738
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MARK2 / ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 ...ELKL motif kinase 1 / EMK-1 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 2 / PAR1 homolog / PAR1 homolog b / Par1b


分子量: 40056.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK2, EMK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7KZI7, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6Z2 / 7-[(1~{S})-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-5,5-dimethyl-2-(pyridin-3-ylamino)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-one


分子量: 377.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20FN5O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % / Mosaicity: 0.809 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 14% PEG3350, 200MM AMM.SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 12561 / % possible obs: 69.6 % / 冗長度: 1.4 % / Biso Wilson estimate: 94.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.617 / Net I/av σ(I): 5.235 / Net I/σ(I): 5.6 / Num. measured all: 11068
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.2-3.521.40.42173.3
3.52-3.661.40.317170.6
3.66-3.831.40.26171
3.83-4.031.40.202172.9
4.03-4.281.40.123171.6
4.28-4.61.40.101171.1
4.6-5.061.40.117171.3
5.06-5.781.40.126171
5.78-7.221.50.121167.5
7.22-201.60.06156.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5EAK

5eak


解像度: 3.2→19.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.564
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2934 635 5.06 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.2255 12561 94.88 %-
原子変位パラメータBiso max: 144.25 Å2 / Biso mean: 72.41 Å2 / Biso min: 19.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.4635 Å20 Å20 Å2
2---6.4635 Å20 Å2
3---12.9269 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.615 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4743 0 56 0 4799
Biso mean--58.06 --
残基数----592
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1728SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it4896HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion611SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5584SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4896HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6607HARMONIC21.21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.78
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.83
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3652 156 5.04 %
Rwork0.2452 2939 -
all0.2513 3095 -
obs--94.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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