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万見
- PDB-5knx: Crystal structure of E. coli hypoxanthine phosphoribosyltransfera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5knx
タイトルCrystal structure of E. coli hypoxanthine phosphoribosyltransferase in complexed with {[(2-[(Hypoxanthin-9H-yl)methyl]propane-1,3-diyl)bis(oxy)]bis- (methylene)}diphosphonic Acid
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Acyclic nucleoside phosphonate / EcHPRT / phosphoribosyltransferase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / protein homotetramerization ...hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / purine ribonucleoside salvage / guanosine tetraphosphate binding / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6WC / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase / Hypoxanthine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Eng, W.S. / Keough, D.T. / Hockova, D. / Janeba, Z. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: Chemistryselect / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Acyclic Nucleoside Phosphonates in Complex with Escherichia coli Hypoxanthine Phosphoribosyltransferase
著者: Eng, W.S. / Hockova, D. / Spacek, P. / Baszczynski, O. / Janeba, Z. / Naesens, L. / Keough, D.T. / Guddat, L.W.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1857
ポリマ－41,2882
非ポリマー8975
水3,693205
1
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,37014
ポリマ－82,5754
非ポリマー1,79510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.380, 85.380, 167.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase


分子量: 20643.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hpt, ACN002_0124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U4JN50, UniProt: P0A9M2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-6WC / [2-[(6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)methyl]-3-(phosphonomethoxy)propoxy]methylphosphonic acid / 9-[2,2-ビス(ホスホノメトキシメチル)エチル]-1,6-ジヒドロ-6-オキソ-9H-プリン


分子量: 412.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N4O9P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→83.74 Å / Num. obs: 28426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 12.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.4→55.825 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1433 5.05 %
Rwork0.1818 --
obs0.1837 28366 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 171.71 Å2 / Biso mean: 47.9551 Å2 / Biso min: 17.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→55.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 55 205 3003
Biso mean--87.85 48.89 -
残基数----349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8173857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2981089
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4001-2.48590.35121260.269926762802
2.4859-2.58540.28511410.255826532794
2.5854-2.70310.3111590.261726092768
2.7031-2.84560.28261430.241926772820
2.8456-3.02390.26421470.227626472794
3.0239-3.25730.26061370.212626652802
3.2573-3.58510.22031570.176526792836
3.5851-4.10370.17361420.158527102852
4.1037-5.16960.16521460.125527272873
5.1696-55.84010.19811350.15928903025

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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