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- PDB-5ma2: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ma2 | |||||||||
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Title | PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 4-iodophenol | |||||||||
![]() | Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytically active subunit | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin | |||||||||
Function / homology | ![]() tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer. Authors: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 379 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 306.9 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5m2gC ![]() 5m8uC ![]() 5m8wC ![]() 5m8xC ![]() 5m8yC ![]() 5m8zC ![]() 5m90C ![]() 5m91C ![]() 5m92C ![]() 5ma0C ![]() 5ma1C ![]() 5maaC ![]() 4uquS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 52164.387 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 743 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IOL.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BVQ.gif)
![](data/chem/img/BEN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IOL.gif)
![](data/chem/img/IOD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-BEN / | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-IOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 52 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si-111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.879→47.3 Å / Num. obs: 79051 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 19.29 |
Reflection shell | Resolution: 1.879→1.946 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7142 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 89 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4UQU Resolution: 1.879→47.268 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / Phase error: 15.51
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.879→47.268 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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