PDB-5m8y: PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5m8y

タイトル

PCE reductive dehalogenase from S. multivorans in complex with 3-chlorophenol

要素

Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / organohalide respiration anaerobic crystallisation cobalamin

機能・相同性

機能・相同性情報

4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.857 Å

データ登録者

Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cobamide-mediated enzymatic reductive dehalogenation via long-range electron transfer.
著者: Kunze, C. / Bommer, M. / Hagen, W.R. / Uksa, M. / Dobbek, H. / Schubert, T. / Diekert, G.

履歴

登録	2016年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5m8y.cif.gz	375.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5m8y.ent.gz	304.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5m8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/5m8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m2gC 5m8uC 5m8wC 5m8xC 5m8zC 5m90C 5m91C 5m92C 5ma0C 5ma1C 5ma2C 5maaC 4uquS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5m8z-d 5ma0-d 5m90-d 5m8w-d 5m2g-d 5maa-d 4ur2-d 5m8u-d 5obi-d 4ur3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (11) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (6) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (4) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (11)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (6)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (4)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

B: Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.783, 73.783, 185.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tetrachloroethene reductive dehalogenase catalytic subunit PceA 分子量: 52164.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Sulfurospirillum multivorans DSM 12446 (バクテリア) Plasmid details: DSM-12446 / 参照: UniProt: W6EQP0

-
非ポリマー , 5種, 779分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-BVQ / NORPSEUDO-B12 分子量: 1305.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₇H₈₂CoN₁₆O₁₄P
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-3CH / 3-CHLOROPHENOL 分子量: 128.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅ClO
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15 percent PEG 3350, 200 mM sodium malonate, 2 percent benzamidineHCl, and 50 mM TrisHCl, pH 7.5 under an atmosphere of 95 percent N2, 5 percent H2 and less than 10 ppm oxygen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月13日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.857→47.4 Å / Num. obs: 80964 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.83 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.0538 / Net I/σ(I): 29.08
反射シェル	解像度: 1.857→1.924 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.3731 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / CC_1/2: 0.851 / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	November 3, 2014	データ削減
XDS	November 3, 2014	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UQU

4uqu

解像度: 1.857→47.352 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.01

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1603	4047	5 %	Random selection
R_work	0.1301	-	-	-
obs	0.1316	80946	96.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.857→47.352 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6795	0	274	763	7832

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	10018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.714	4393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8574-1.8785	0.2708	158	0.2376	3160	X-RAY DIFFRACTION	59
1.8785-1.9006	0.2236	214	0.2088	4002	X-RAY DIFFRACTION	76
1.9006-1.9238	0.2081	232	0.1863	4407	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9238-1.9482	0.2132	257	0.1809	4853	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9482-1.9738	0.192	268	0.1704	5059	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9738-2.0008	0.2016	275	0.1526	5205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0008-2.0294	0.1866	270	0.1483	5149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0294-2.0597	0.1875	278	0.1402	5240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0597-2.0919	0.1641	276	0.1402	5242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0919-2.1262	0.1729	276	0.1381	5238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1262-2.1629	0.1907	270	0.132	5234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1629-2.2022	0.1641	270	0.1299	5138	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2022-2.2445	0.178	273	0.1281	5213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2445-2.2904	0.154	279	0.1266	5288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2904-2.3402	0.1587	270	0.1261	5145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3402-2.3946	0.149	276	0.1258	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3946-2.4545	0.1696	279	0.1306	5251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4545-2.5208	0.1751	271	0.1209	5163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5208-2.595	0.1523	274	0.1277	5239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.595-2.6788	0.169	277	0.1274	5235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6788-2.7745	0.1691	272	0.1252	5184	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7745-2.8856	0.159	279	0.1303	5252	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8856-3.0169	0.1803	272	0.1322	5170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0169-3.1759	0.183	276	0.1317	5296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1759-3.3748	0.1733	274	0.1251	5193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3748-3.6353	0.1276	272	0.1217	5188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6353-4.001	0.14	274	0.1165	5261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.001-4.5795	0.135	274	0.1092	5214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5795-5.7681	0.1359	275	0.126	5208	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7681-47.367	0.1484	275	0.1386	5194	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3013	0.0689	0.1758	0.3902	0.3402	0.3035	-0.0216	-0.0768	0.0975	-0.03	-0.0037	0.0647	-0.1176	-0.1738	0.0001	0.2368	0.0319	-0.0356	0.2148	-0.0239	0.2422	-12.2303	-13.703	-4.8592
2	0.1129	-0.097	-0.0463	0.1264	-0.0161	0.1862	-0.0351	0.0192	-0.0282	-0.1968	0.0478	-0.1299	-0.1915	0.09	0.0004	0.314	-0.0682	0.0123	0.1821	-0.0116	0.2111	8.11	-14.297	-22.0168
3	0.0838	-0.0084	0.1003	0.2913	0.2912	0.3608	0.0136	-0.0157	-0.0039	0.0105	-0.0624	0.0923	0.0295	-0.1297	-0	0.2083	-0.0133	-0.0222	0.2212	-0.0264	0.2191	-17.3852	-33.143	-11.037
4	0.2102	-0.0853	0.0442	0.5801	0.1779	0.3302	-0.0157	-0.0191	0.0065	-0.0761	-0.0422	0.082	-0.1111	-0.1062	0	0.206	0.002	-0.0555	0.2313	-0.0248	0.2012	-16.4238	-23.0131	-16.0492
5	0.2	0.0239	-0.0144	0.3968	0.0864	0.6228	0.0008	-0.043	0.0116	-0.0257	-0.0352	0.0311	-0.1242	-0.0922	0	0.2118	0.0109	-0.0394	0.1648	-0.0235	0.1736	-9.9361	-17.3191	-4.6272
6	0.1227	0.1077	-0.0189	0.0568	-0.005	0.0152	-0.0631	-0.1102	0.0467	-0.0402	-0.0493	-0.0011	-0.1111	0.1503	-0.0003	0.2363	-0.0006	-0.0331	0.1991	-0.0079	0.1916	2.0334	-16.0906	5.2116
7	0.0046	0.0979	0.0272	0.0571	0.1056	0.1324	0.0451	-0.1956	-0.0012	0.1663	0.0167	-0.0761	0.0192	0.1715	0.0027	0.2538	-0.0532	-0.0322	0.2464	-0.0386	0.2276	3.9741	-25.9621	3.4765
8	0.0663	0.0129	-0.1046	0.4616	-0.0296	0.395	0.0421	-0.0358	-0.0965	0.0179	0.0521	-0.2206	0.3591	0.0987	0.0027	0.273	0.0327	-0.0397	0.2157	-0.0554	0.2855	8.7063	-56.6058	-19.8324
9	0.1005	-0.0679	-0.0764	0.1638	0.1754	0.1559	0.048	-0.0318	0.0168	0.0887	-0.0573	0.0574	0.1659	-0.0948	-0.0004	0.2931	-0.0847	-0.0337	0.1727	0.0076	0.1882	-15.0042	-54.6273	-8.9344
10	0.056	0.0382	0.0557	0.0543	0.1466	0.2566	0.0239	0.0279	-0.0544	-0.1249	0.0356	-0.0735	-0.038	-0.0235	-0	0.2562	-0.0275	-0.0016	0.1909	-0.02	0.1961	2.5802	-32.0884	-28.3348
11	0.0814	0.035	-0.0521	0.4744	0.0541	0.4485	-0.0353	0.0337	-0.0034	-0.1135	0.085	-0.1231	0.0034	0.0494	0	0.1899	-0.014	-0.0069	0.1516	-0.0379	0.1771	6.6912	-42.7719	-28.4113
12	0.2391	0.0685	0.0597	0.2924	0.0621	0.0194	-0.0144	0.0545	-0.0773	0.0336	0.1017	-0.1772	0.2109	0.0477	-0.0002	0.2589	-0.0228	-0.0245	0.207	-0.0339	0.2367	6.5441	-45.5431	-16.544
13	0.1746	0.2112	0.1795	0.5979	0.3343	0.3169	0.0274	-0.0034	-0.0515	0.042	0.0727	-0.1867	0.1136	0.0878	0.0077	0.2207	0.0259	-0.0465	0.1672	-0.032	0.2472	9.9843	-45.8579	-14.9376
14	0.4124	-0.0908	-0.3838	0.1232	-0.1554	1.0909	0.0907	0.0457	-0.308	0.171	0.0645	-0.1174	0.6022	-0.2651	0.0929	0.4135	0.0922	-0.1372	-0.0059	-0.0792	0.351	6.9017	-64.961	-16.2928
15	0.0502	0.0127	-0.0233	0.034	0.0359	0.0478	0.0976	-0.1546	-0.058	0.2876	0.0092	-0.0659	0.2427	-0.0236	-0	0.3677	-0.0269	-0.0827	0.1884	0.0155	0.2332	-1.6476	-51.2583	-0.2338
16	0.0145	-0.0081	-0.0204	0.1004	0.0918	0.104	-0.0713	-0.0316	-0.1227	0.1513	0.0845	-0.1673	0.1011	0.1266	0	0.2486	0.0007	-0.0639	0.2489	-0.0168	0.2618	11.9039	-35.0517	-3.0347

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 176 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 177 through 235 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 379 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 380 through 404 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 405 through 462 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 52 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 98 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 99 through 139 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 140 through 207 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 208 through 235 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 236 through 338 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 339 through 379 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 380 through 441 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 442 through 461 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 779分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 779分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 779分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)