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- PDB-5jvl: C4-type pyruvate phospate dikinase: nucleotide binding domain wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvl
タイトルC4-type pyruvate phospate dikinase: nucleotide binding domain with bound ATP analogue
要素Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / nucleotide binding / conformational transition / swiveling mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / photosynthesis / chloroplast / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site ...Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Acyl-CoA Binding Protein / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / ATP-grasp fold, A domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6NQ / PHOSPHOENOLPYRUVATE / Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Flaveria trinervia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Minges, A. / Hoeppner, A. / Groth, G.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural intermediates and directionality of the swiveling motion of Pyruvate Phosphate Dikinase.
著者: Minges, A. / Ciupka, D. / Winkler, C. / Hoppner, A. / Gohlke, H. / Groth, G.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
B: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
C: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
D: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,94518
ポリマ－381,3964
非ポリマー2,55014
水00
1
A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
D: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,26910
ポリマ－190,6982
非ポリマー1,5718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area67090 Å2
手法PISA
2
B: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
C: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,6768
ポリマ－190,6982
非ポリマー9786
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area54000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.980, 108.450, 152.760
Angle α, β, γ (deg.)106.220, 101.810, 98.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic / Pyruvate / orthophosphate dikinase


分子量: 95348.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flaveria trinervia (植物) / 遺伝子: PPDK, PDK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22221, pyruvate, phosphate dikinase
#2: 化合物 ChemComp-6NQ / 2'-Bromo-2'-deoxyadenosine 5'-[beta,gamma-imide]triphosphoric acid / 2′-ブロモ-2′-デオキシアデノシン5′-[β,γ-イミド]三りん酸


分子量: 569.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16BrN6O11P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MOPS (pH 7.0), 0.1 M magnesium formiate, 17 % (w/v) PEG 3350, 10 mM phosphoenol pyruvate, 0.75 mM 2'-Br-dAppNHp

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.919344 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919344 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 90103 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.38 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-33.90.4452.9198.7
3-3.123.90.3234.1198.6
3.12-3.263.90.2385.4198.8
3.26-3.443.90.177.3198.8
3.44-3.653.90.1239.9199
3.65-3.933.90.08713.3199.1
3.93-4.323.90.06217.4199
4.32-4.943.90.05320.1199
4.94-6.193.90.06317.4198.8
6.19-19.793.60.03926.1198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.8 Å47.9 Å
Translation2.8 Å47.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JVJ

5jvj


解像度: 2.9→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.352
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2315 1875 2.1 %RANDOM
Rwork0.2115 ---
obs0.2119 90103 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 139.3 Å2 / Biso mean: 46.8852 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.86 Å2-0.25 Å2-0.15 Å2
2--1.29 Å20.15 Å2
3---2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23494 0 140 0 23634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01924059
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0222938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.97132589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.672352746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.29953122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02524.439998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.824154048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.07515150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.23686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02127493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.025226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5250.59412506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5250.59412505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9550.89115619
LS精密化 シェル解像度: 2.897→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 132 -
Rwork0.3 6377 -
all-6509 -
obs--96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0280.0806-0.01942.88360.63422.013-0.0874-0.13470.4708-0.23040.08080.085-0.40040.03990.00670.76140.10760.04920.21780.03950.259.38813.065-58.032
24.57060.15120.4250.01590.04150.23280.1419-0.1204-0.05720.0178-0.04540.018-0.0238-0.1527-0.09650.7780.07270.12660.22060.00820.236836.043-10.213-68.998
31.058-1.4120.5962.8286-0.33651.06030.1111-0.10680.0054-0.1306-0.03250.28030.0408-0.3163-0.07860.87560.03010.10120.19550.0230.192725.237-28.601-67.105
40.60550.3973-0.29251.790.73622.4648-0.0095-0.01020.008-0.13510.00880.03490.1333-0.15010.00060.66860.05490.04730.08810.05220.036432.547-35.519-53.569
54.8489-2.1353.1557.4363-0.22492.72110.4523-0.0128-0.690.46340.0478-0.56370.82440.3579-0.50011.01340.1982-0.12880.33020.04260.375253.437-65.252-86.222
65.31631.7435-1.66151.1559-0.04742.0266-0.16241.0369-0.3917-0.23020.06330.39550.0628-0.54250.09911.32330.1134-0.00781.1205-0.230.748720.42-60.161-87.396
70.8491-0.41830.34132.44240.6842.80070.0346-0.092-0.13390.1346-0.05640.28950.1268-0.28560.02170.68350.02880.09120.09160.03570.064928.997-35.023-99.423
84.7235-2.5981-0.29673.18220.84771.1164-0.2093-0.7558-0.05420.76120.2886-0.1340.1660.0962-0.07941.08010.0165-0.10620.26790.0010.270315.30915.691-135.285
90.9880.6192-0.09351.1202-0.4780.4076-0.0275-0.338-0.18590.3907-0.0243-0.0505-0.044-0.02620.05180.82020.13280.03110.23690.04930.17298.487-14.487-144.416
102.8969-1.4717-0.34761.18490.14340.1698-0.1418-0.4315-0.27870.22930.15480.43240.1225-0.116-0.0130.9103-0.010.04230.34720.0180.23049.185-44.393-135.691
110.90540.00750.54982.19260.8822.87850.0493-0.1733-0.13460.1972-0.09990.15930.1533-0.16090.05060.5990.03460.11790.0430.03020.06624.968-45.49-130.926
121.160.63240.35021.66550.58621.0219-0.0440.4084-0.0694-0.30610.0362-0.090.05510.26760.00780.69060.09990.1060.25090.05960.148717.6-72.812-16.917
134.5721.55291.83041.02440.32710.9162-0.12370.6557-0.0240.05880.36120.3967-0.09290.1463-0.23750.69930.05130.16280.29380.0640.35656.46-32.947-22.838
141.4272-0.54610.21633.8608-0.55043.93250.14640.53640.1791-0.55990.01760.5921-0.1547-1.0912-0.16390.75210.10540.10640.5590.15510.251214.505-10.697-27.12
150.63360.1345-0.43772.07380.2342.15770.07130.07970.1657-0.0495-0.05220.1134-0.0452-0.1029-0.0190.56940.06320.07040.02970.03210.064827.664-22.24-27.703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2A326 - 485
3X-RAY DIFFRACTION3A486 - 646
4X-RAY DIFFRACTION4A646 - 874
5X-RAY DIFFRACTION5B256 - 384
6X-RAY DIFFRACTION6B390 - 508
7X-RAY DIFFRACTION7B509 - 874
8X-RAY DIFFRACTION8C1 - 240
9X-RAY DIFFRACTION9C241 - 480
10X-RAY DIFFRACTION10C481 - 640
11X-RAY DIFFRACTION11C641 - 874
12X-RAY DIFFRACTION12D1 - 400
13X-RAY DIFFRACTION13D401 - 560
14X-RAY DIFFRACTION14D561 - 640
15X-RAY DIFFRACTION15D641 - 874

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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