PDB-5ish: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ish

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSFERASE / PROTEIN ARGININE METHYLTRANSFERASE / CATALYTIC DOMAIN / CHROMATIN REGULATOR / MRNA PROCESSING / MRNA SPLICING / NUCLEUS / S-ADENOSYL-L-METHIONINE / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.152 Å

データ登録者

Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Hassenboehler, P. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with inhibitor SA0765
著者: Cura, V. / Marechal, N. / Mailliot, J. / Troffer-Charlier, N. / Wurtz, J.M. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2016年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ish.cif.gz	804.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ish.ent.gz	687.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ish.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ish_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ish_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5ish_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	5ish_validation.cif.gz	84.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5ish ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/5ish	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ih3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s7c-d 5isi-d 5isa-d 5k8v-d 2y1w-d 5is7-d 5k8x-d 5tbi-d 5tbh-d 6s79-d 6s7a-d 6s71-d 5lv2-2 5isd-d 6s77-d 5lv2-1 5tbj-d 5lv3-d 5isg-d 5u4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.675, 98.413, 206.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-815- HOH
2	1	D-765- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 923分子

#2: 化合物	ChemComp-765 / 5'-{1-[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl]aziridin-1-ium-1-yl}-5'-deoxyadenosine 分子量: 394.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₇O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#6: 化合物	ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₃
#7: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris-HCl pH 8.0 100 mM PEG 2000 MME 17 % NaCl 67 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 83223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 26.38 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1980	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.152→29.828 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.16

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1983	4126	4.96 %	Random selection
R_work	0.1641	-	-	-
obs	0.1658	83145	99.6 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.152→29.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10985	0	230	899	12114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11516
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	15575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.031	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1700
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.152-2.1774	0.2583	133	0.2027	2548	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1774-2.2039	0.2571	153	0.1888	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2039-2.2318	0.2466	153	0.1828	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2318-2.2612	0.2093	135	0.1855	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2612-2.2921	0.2093	146	0.177	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2921-2.3248	0.2056	132	0.1785	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3248-2.3595	0.2294	120	0.1709	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3595-2.3964	0.2242	136	0.1728	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3964-2.4357	0.2078	158	0.1768	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4357-2.4776	0.2015	143	0.1729	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.5227	0.238	123	0.1671	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5227-2.5712	0.2203	153	0.1718	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5712-2.6236	0.2142	134	0.1712	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6236-2.6806	0.1937	153	0.165	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6806-2.7429	0.2068	119	0.1611	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7429-2.8115	0.1903	148	0.1709	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8115-2.8874	0.1967	141	0.1713	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8874-2.9723	0.2213	122	0.1804	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9723-3.0682	0.2167	150	0.1865	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0682-3.1777	0.2236	157	0.178	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1777-3.3048	0.2069	135	0.1787	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3048-3.455	0.1927	132	0.1636	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.455-3.6369	0.2005	135	0.159	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6369-3.8643	0.1741	159	0.1522	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8643-4.1619	0.1885	154	0.1364	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1619-4.5794	0.1521	147	0.1288	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5794-5.2389	0.1613	132	0.1288	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2389-6.5888	0.1894	155	0.1724	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5888-29.8305	0.1927	168	0.1829	2891	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7475	-0.3801	-0.0795	0.8172	0.1416	0.9698	0.0658	-0.1362	0.1657	0.0944	-0.0162	0.0722	-0.2407	0.0236	0.1412	0.1735	-0.0878	0.0403	0.1462	-0.0827	0.1369	55.024	40.218	133.2551
2	0.5926	0.0312	0.1872	-0.0031	-0.0082	0.321	0.1245	-0.0358	-0.052	0.0145	-0.0481	-0.0191	0.0214	0.0357	0.1392	0.0784	-0.0429	0.0201	0.1028	-0.0172	0.1649	47.7587	11.8815	119.174
3	0.3417	0.2203	-0.2159	1.1153	-0.0687	1.0194	-0.0056	-0.0169	-0.0172	-0.0827	0.0247	-0.1002	0.0274	0.0347	-0.0093	0.0764	-0.0497	0.0293	0.1312	-0.0258	0.1494	60.2736	19.1591	119.126
4	0.7597	-0.6241	-0.4213	0.5147	0.4253	1.428	0.1684	0.0664	0.0663	-0.032	0.0337	-0.0939	-0.2605	-0.0949	0.2211	0.1603	0.0311	0.0391	0.1149	0.0291	0.1786	18.8956	19.5688	115.039
5	0.3817	0.1385	0.1602	0.0724	-0.042	0.3004	0.1979	-0.1725	-0.1834	0.1805	-0.0433	0.0021	-0.0061	0.0156	0.0151	0.2564	-0.058	0.0815	0.266	-0.0251	0.228	38.3565	29.2361	148.2936
6	0.1095	-0.0816	-0.1024	0.3974	0.4876	0.5897	0.1046	-0.1647	0.2003	0.0845	-0.1299	-0.0932	0.1889	-0.1535	0.0049	0.2401	-0.0202	0.0547	0.2932	0.0199	0.2458	17.212	21.8931	137.6845
7	0.4609	-0.0432	-0.0683	0.1377	0.3558	0.7671	0.1166	-0.1384	-0.0233	0.0657	-0.0281	0.0119	-0.0204	-0.014	0.0063	0.2228	-0.0271	0.0464	0.2196	0.0331	0.1736	17.0952	22.6074	140.0416
8	0.3966	0.0169	0.3361	0.1974	0.0033	0.2816	0.1958	-0.1189	0.0954	-0.0964	-0.0311	-0.2799	-0.1114	0.0302	0.1357	0.2669	-0.0244	0.1143	0.284	-0.0185	0.2876	25.201	29.8156	141.1678
9	0.9175	0.4282	-0.7251	0.2929	-0.1481	0.9465	0.1006	0.1541	0.1448	0.0206	0.0181	0.0149	-0.2758	0.1331	0.0051	0.3356	0.0276	0.0315	0.2851	0.0381	0.2523	22.9952	42.2966	175.1757
10	0.1878	0.0098	0.2228	0.0799	-0.0661	0.3455	0.0596	0.0229	-0.0752	0.0112	-0.019	0.0759	-0.0852	-0.0151	0.0011	0.2246	0.0193	0.0336	0.1731	0.0199	0.1893	26.0595	21.1618	190.6473
11	0.6581	-0.2387	-0.372	0.9141	-0.1651	0.6116	-0.0051	0.0571	-0.13	0.0319	-0.0287	0.1529	0.0243	-0.0292	-0.0006	0.1968	0.0389	0.0381	0.1994	-0.0126	0.225	16.2366	20.2507	190.5841
12	0.774	0.5168	-0.3247	0.7691	-0.3671	0.7133	0.1269	-0.0537	-0.0009	0.0151	-0.0497	-0.0411	-0.1498	0.0933	0.0016	0.2109	-0.008	0.0252	0.173	-0.0325	0.185	57.1961	18.0679	195.6269
13	0.2746	-0.2029	0.0543	0.1276	-0.0335	0.0037	0.1116	0.1544	-0.154	-0.097	-0.0408	0.0613	-0.0426	-0.0287	0.0001	0.2959	0.0052	0.0314	0.3885	-0.0182	0.2824	39.6386	28.2531	163.6181
14	0.0921	-0.013	-0.0385	0.2584	-0.3182	0.4151	-0.1366	0.1589	0.0316	-0.0122	-0.0227	0.1086	0.0122	0.3562	-0.0001	0.3127	-0.0113	0.0496	0.3128	-0.0235	0.2139	63.4561	23.3083	175.2694
15	0.2836	-0.0073	-0.0339	0.0885	-0.1675	0.2901	0.0231	0.1492	-0.0962	-0.0137	-0.0646	-0.0069	0.0874	0.0457	0	0.268	0.0073	0.0411	0.2598	-0.0357	0.2126	58.2807	17.6397	169.8698
16	0.1304	0.0288	0.1368	0.182	0.2181	0.332	-0.0282	0.232	-0.121	0.1163	-0.0925	0.1038	-0.0598	-0.1015	-0.0001	0.3253	0.0341	0.0567	0.3394	-0.0163	0.2267	54.697	30.1129	168.5171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:349)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 350:478)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 136:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 294:336)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 337:365)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 366:445)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 446:478)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 136:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 258:336)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 337:478)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 136:293)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 294:344)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 345:372)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 373:430)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 431:477)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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