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- PDB-5hzg: The crystal structure of the strigolactone-induced AtD14-D3-ASK1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzg
タイトルThe crystal structure of the strigolactone-induced AtD14-D3-ASK1 complex
要素
  • F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
  • SKP1-like protein 1A
  • Strigolactone esterase D14
キーワードHYDROLASE/SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / F-box protein / receptor / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to strigolactone / bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / phragmoplast / ethylene-activated signaling pathway / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / response to jasmonic acid ...cellular response to strigolactone / bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / phragmoplast / ethylene-activated signaling pathway / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / response to jasmonic acid / male meiotic nuclear division / auxin-activated signaling pathway / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein ubiquitination / hydrolase activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Alpha/beta hydrolase family ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Alpha/beta hydrolase family / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol / SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yao, R.F. / Ming, Z.H. / Yan, L.M. / Rao, Z.H. / Lou, Z.Y. / Xie, D.X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31230008 中国
the National Natural Science Foundation of China81322023 中国
Ministry of Science and Technology2011CB915404 中国
Ministry of Science and Technology2013CB911100 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: DWARF14 is a non-canonical hormone receptor for strigolactone
著者: Yao, R. / Ming, Z. / Yan, L. / Li, S. / Wang, F. / Ma, S. / Yu, C. / Yang, M. / Chen, L. / Chen, L. / Li, Y. / Yan, C. / Miao, D. / Sun, Z. / Yan, J. / Sun, Y. / Wang, L. / Chu, J. / Fan, S. ...著者: Yao, R. / Ming, Z. / Yan, L. / Li, S. / Wang, F. / Ma, S. / Yu, C. / Yang, M. / Chen, L. / Chen, L. / Li, Y. / Yan, C. / Miao, D. / Sun, Z. / Yan, J. / Sun, Y. / Wang, L. / Chu, J. / Fan, S. / He, W. / Deng, H. / Nan, F. / Li, J. / Rao, Z. / Lou, Z. / Xie, D.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Strigolactone esterase D14
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A
E: Strigolactone esterase D14
F: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
G: SKP1-like protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,8288
ポリマ－259,6236
非ポリマー2042
水43224
1
A: Strigolactone esterase D14
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9144
ポリマ－129,8123
非ポリマー1021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area42590 Å2
手法PISA
2
E: Strigolactone esterase D14
F: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
G: SKP1-like protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9144
ポリマ－129,8123
非ポリマー1021
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area42500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.397, 172.979, 186.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Strigolactone esterase D14 / Protein DWARF 14 / AtD14


分子量: 29653.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: D14, At3g03990, T11I18.10 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q9SQR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / F-box and leucine-rich repeat MAX2 homolog / Protein DWARF 3


分子量: 81153.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q5VMP0
#3: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 19004.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q39255
#4: 化合物 ChemComp-6OM / (2Z)-2-methylbut-2-ene-1,4-diol


分子量: 102.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 16% PEG 3350, 16mM BICINE pH 9.0, 20mM HEPES pH 7.5, 4.4% w/v Polyacrylic Acid 5100 Sodium salt, 10mM Praseodymium (III) acetate hydrate, 100 mM NDSB-256

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 49674 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.82 % / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→49.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.801 / SU B: 31.208 / SU ML: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.597 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31585 2669 5.1 %RANDOM
Rwork0.24623 ---
obs0.24969 49674 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 89.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15638 0 14 24 15676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01915976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0215363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.9721701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.151335275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.66251985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.9323.014700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.179152628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.01315134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.22506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023655
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.5028.8528000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4948.8537999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.0313.2639965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.03213.2629966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8689.0877976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8679.0877974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.26413.50511736
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.77369.37717662
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.77269.37817663
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 194 -
Rwork0.363 3640 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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