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- PDB-5hyw: The crystal structure of the D3-ASK1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hyw
タイトルThe crystal structure of the D3-ASK1 complex
要素
  • F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
  • SKP1-like protein 1A
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / F-box protein / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / phragmoplast / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / auxin polar transport / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Yao, R.F. / Ming, Z.H. / Yan, L.M. / Rao, Z.H. / Lou, Z.Y. / Xie, D.X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
the National Natural Science Foundation of China31230008 中国
the National Natural Science Foundation of China81322023 中国
Ministry of Science and Technology2011CB915404 中国
Ministry of Science and Technology2013CB911100 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: DWARF14 is a non-canonical hormone receptor for strigolactone
著者: Yao, R. / Ming, Z. / Yan, L. / Li, S. / Wang, F. / Ma, S. / Yu, C. / Yang, M. / Chen, L. / Chen, L. / Li, Y. / Yan, C. / Miao, D. / Sun, Z. / Yan, J. / Sun, Y. / Wang, L. / Chu, J. / Fan, S. ...著者: Yao, R. / Ming, Z. / Yan, L. / Li, S. / Wang, F. / Ma, S. / Yu, C. / Yang, M. / Chen, L. / Chen, L. / Li, Y. / Yan, C. / Miao, D. / Sun, Z. / Yan, J. / Sun, Y. / Wang, L. / Chu, J. / Fan, S. / He, W. / Deng, H. / Nan, F. / Li, J. / Rao, Z. / Lou, Z. / Xie, D.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
B: SKP1-like protein 1A
C: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
D: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,3164
ポリマ－200,3164
非ポリマー00
水00
1
A: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
B: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1582
ポリマ－100,1582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28870 Å2
手法PISA
2
C: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
D: SKP1-like protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1582
ポリマ－100,1582
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.268, 79.268, 327.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / F-box and leucine-rich repeat MAX2 homolog / Protein DWARF 3


分子量: 81153.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q5VMP0
#2: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 19004.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q39255

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→81.89 Å / Num. obs: 38298 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.69 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HZG

5hzg


解像度: 3.01→81.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 22.917 / SU ML: 0.419 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31193 1631 5 %RANDOM
Rwork0.23537 ---
obs0.23921 30772 81.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→81.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10174 0 0 0 10174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01910370
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6711.97614078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.067323020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.02951281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61622.793444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.909151727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6531589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7546.1315178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7556.1325177
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0659.1846441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0649.1846442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.446.4365192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.446.4365190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.7699.5327637
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.26248.84611133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.26248.84611134
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.008→3.086 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 73 -
Rwork0.311 1105 -
obs--40.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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