[日本語] English
万見
- PDB-5hki: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis H37Rv orotate pho... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hki
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis H37Rv orotate phosphoribosyltransferase in complex with Fe(III) dicitrate
要素Orotate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / OPRT / de novo pyrimidine nucleotide synthesis / ferric dicitrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Rossmann fold - #2020 / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron(III) dicitrate / Orotate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Donini, S. / Ferraris, D.M. / Bolognesi, G. / Rizzi, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
FP7-HEALTH260872 イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural investigations on orotate phosphoribosyltransferase from Mycobacterium tuberculosis, a key enzyme of the de novo pyrimidine biosynthesis.
著者: Donini, S. / Ferraris, D.M. / Miggiano, R. / Massarotti, A. / Rizzi, M.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase
C: Orotate phosphoribosyltransferase
D: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,6796
ポリマ－80,8114
非ポリマー8682
水3,063170
1
A: Orotate phosphoribosyltransferase
B: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8403
ポリマ－40,4062
非ポリマー4341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
2
C: Orotate phosphoribosyltransferase
D: Orotate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8403
ポリマ－40,4062
非ポリマー4341
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.421, 60.262, 65.181
Angle α, β, γ (deg.)85.64, 89.90, 79.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Orotate phosphoribosyltransferase / OPRTase


分子量: 20202.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: No His-tag was traced in this case. The overall electron density presents a gaps between the residues 1-3, numbered from the N-terminal methionine.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: pyrE, umpA, Rv0382c, MTV036.17c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHK9, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-6ZJ / Iron(III) dicitrate


分子量: 434.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10FeO14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.01M Iron(III) chloride hexahydrate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 6.1, 10% (v/v) Jeffamine M-600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.17 Å / Num. obs: 18336 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.74
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P1Z

2p1z


解像度: 2.4→64.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.45 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26015 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.19514 ---
obs0.19849 27688 95.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.53 Å2-0.37 Å2-0 Å2
2--2.58 Å22.08 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→64.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5104 0 54 170 5328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8431.9787118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.013311596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3875680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.57221.574216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03615832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1561568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4693.3922738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4573.3912737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8325.0733412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8315.0763413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6743.8242486
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9363.7722427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.635.5013597
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.74426.8055624
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60726.6715582
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 121 -
Rwork0.282 2012 -
obs--94.21 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る