PDB-2p1z: Crystal structure of phosphoribosyltransferase from Corynebacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p1z

タイトル

Crystal structure of phosphoribosyltransferase from Corynebacterium diphtheriae

要素

Phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Corynebacterium diphtheriae / Phosphoribosyltransferase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphoribosyltransferase from Corynebacterium diphtheriae
著者: Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p1z.cif.gz	75 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p1z.ent.gz	56.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p1z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p1z_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p1z_full_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示
XML形式データ	2p1z_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	2p1z_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p1z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2oaa-2 3wg6-3 1mq6-d 6mbg-d 3q3k-d 4iv0-2 6tnh-1 4fn9-2 3zr7-1 5h2u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC82894

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphoribosyltransferase

B: Phosphoribosyltransferase

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.438, 103.709, 39.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoribosyltransferase 分子量: 19299.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) 株: NCTC 13129 / 遺伝子: pyrE, DIP2097 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q6NF12, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 25 % PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929, 0.97943

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月14日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97929	1
2	0.97943	1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 14740 / Num. obs: 12900 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 32.53

反射シェル

解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 591 / % possible all: 40.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.44→39.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 23.363 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.076 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30847	542	4.8 %	RANDOM
R_work	0.22577	-	-	-
all	0.2297	10745	-	-
obs	0.2297	10745	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.577 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→39.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2410	0	0	103	2513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.977	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.142	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.149	23.298	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.595	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.017	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.673	1.5	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.036	2	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.451	3	873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.315	4.5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.507 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	39	-
R_work	0.239	655	-
obs	-	-	83.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6318	-1.1534	0.3453	4.7989	2.2232	1.1517	-0.2837	-0.0499	0.9622	-0.2243	-0.1064	0.9658	-0.0529	-0.396	0.3901	-0.1047	-0.033	-0.0616	-0.1403	-0.0835	0.1405	8.7547	43.6284	24.5127
2	6.0207	0.9027	-0.3613	3.4065	-0.8745	1.4754	0.0671	-0.1301	-0.0254	-0.0731	-0.1153	-0.1163	0.1152	0.2792	0.0482	-0.1119	-0.0574	0.0129	0.0121	0.0289	-0.0658	26.8516	39.9619	27.2071
3	4.2906	-0.0509	3.1997	3.369	-0.5383	2.4605	0.0193	-0.6992	1.2538	0.057	-0.1766	0.4412	-0.4606	0.3409	0.1573	-0.0774	-0.1167	0.0016	-0.1174	-0.148	0.1551	19.8982	53.2717	29.3678
4	13.7147	-1.3345	2.469	3.0508	0.1138	0.7863	0.3263	0.6718	-0.4984	-0.3052	-0.287	-0.3173	0.1233	-0.0073	-0.0393	-0.0905	0.0285	0.0593	-0.0384	0.0374	-0.1196	26.2567	22.2529	19.2058
5	5.6284	1.0226	-0.4543	2.3073	-0.2105	3.8884	0.1956	-0.752	0.2216	0.1658	-0.1268	0.1791	-0.3249	-0.1144	-0.0688	-0.097	-0.0471	0.0085	0.0458	-0.0341	-0.0794	12.3682	25.1626	32.1852
6	4.1875	2.2512	-2.4588	1.8741	-0.6986	5.8532	-0.1374	-0.1294	-0.786	0.3708	-0.0476	-0.3797	0.6247	0.1656	0.185	-0.0269	0.0298	-0.1309	-0.1396	0.0849	0.0283	18.7388	12.407	27.5091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 57	4 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	58 - 138	61 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	139 - 176	142 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 57	4 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	58 - 138	61 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	139 - 176	142 - 179

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