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万見
- PDB-5fry: crystal structure of the phenol-responsive sensory domain of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fry
タイトルcrystal structure of the phenol-responsive sensory domain of the transcription activator PoxR with 3,5-dimethylphenol
要素Positive phenol-degradative gene regulator
キーワードTRANSCRIPTION / PHENOL / DMPR / ENHANCER-BINDING PROTEIN / ACTIVATOR / ATPASE FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. ...Activator of aromatic catabolism / Activator of aromatic catabolism / 4-vinyl reductase, 4VR / V4R domain / V4R / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIMETHYLPHENOL / Positive phenol-degradative gene regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia sp. E2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.792 Å
データ登録者Patil, V.V. / Woo, E.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Phenol-Responsive Sensory Domain of the Transcription Activator Poxr
著者: Patil, V.V. / Park, K.-H. / Lee, S.-G. / Woo, E.J.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / reflns / struct_ref / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.d_resolution_low / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Positive phenol-degradative gene regulator
B: Positive phenol-degradative gene regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3656
ポリマ－46,9902
非ポリマー3754
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-35.4 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.730, 70.696, 105.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Positive phenol-degradative gene regulator


分子量: 23495.096 Da / 分子数: 2 / 断片: PHENOL BINDING DOMAIN, UNP RESIDUES 1-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia sp. E2 (バクテリア) / 遺伝子: poxR / プラスミド: pET22B-CPD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O84957
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ERH / 3,4-DIMETHYLPHENOL / 3,5-ジメチルフェノ-ル


分子量: 122.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.191 Å / Num. obs: 33213 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 55.11
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.792→28.191 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3199 1919 6 %
Rwork0.2645 --
obs0.268 32000 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.792→28.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 20 63 3107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0794188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9141134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7922-1.8370.36851330.3012054X-RAY DIFFRACTION93
1.837-1.88660.5291360.36492096X-RAY DIFFRACTION94
1.8866-1.94210.66621050.58411695X-RAY DIFFRACTION77
1.9421-2.00480.49381300.36292071X-RAY DIFFRACTION94
2.0048-2.07640.38451420.31372226X-RAY DIFFRACTION100
2.0764-2.15950.51941410.31232196X-RAY DIFFRACTION100
2.1595-2.25780.49171320.41522110X-RAY DIFFRACTION94
2.2578-2.37680.34331310.31342099X-RAY DIFFRACTION94
2.3768-2.52560.35191430.28252237X-RAY DIFFRACTION100
2.5256-2.72040.3121440.26932239X-RAY DIFFRACTION100
2.7204-2.99390.29351440.2652236X-RAY DIFFRACTION100
2.9939-3.42650.30731450.25432260X-RAY DIFFRACTION99
3.4265-4.31460.26141450.2112262X-RAY DIFFRACTION98
4.3146-28.19460.24131480.19992300X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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