PDB-5f3g: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3g

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3g.cif.gz	559.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3g.ent.gz	461.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3eC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4y-4 6h4w-4 6h4y-3 6h4t-4 6h4o-4 3rvh-2 6h4x-4 6h4s-3 6h4v-4 6h4s-4 6h4s-1 2os2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

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42.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

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42.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.267, 100.567, 142.592
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5UL / 8-[4-[2-[4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 448.948 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅ClN₆O
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.16 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.06 Å / Num. obs: 54102 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 13.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.5→42.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9079 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8693 / SU R Cruickshank DPI: 0.556 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.526 / SU R_free Blow DPI: 0.275 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.281

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	2576	4.77 %	RANDOM
R_work	0.2027	-	-	-
obs	0.2048	53976	97.65 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.8059 Å²	0 Å²	-1.1386 Å²
2-	-	4.5491 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.355 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.362 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→42.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10661	0	131	363	11155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11131	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	15166	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3527	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		213	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1734	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11131	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		7	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.91
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1416	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		5	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12857	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3313	171	5.13 %
R_work	0.2861	3165	-
all	0.2884	3336	-
obs	-	-	82.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.2262	1.3259	0.4714	6.297	1.0937	2.6402	0.0289	-0.0799	0.1434	0.1295	-0.0755	0.2	-0.4132	-0.3508	0.0467	-0.045	0.0856	0.0682	0.0947	-0.029	-0.0743	-32.9488	2.7704	-13.5694
2	2.4482	-0.1302	0.5499	2.3187	-0.0647	2.0567	0.0819	-0.095	-0.0517	0.0139	-0.0348	0.2095	0.0781	-0.1346	-0.0471	-0.1923	-0.0461	-0.0172	0.0377	-0.0222	-0.148	-24.5819	-15.9176	-14.5617
3	2.0522	0.5652	-1.4636	0.4211	-1.437	4.1516	0.13	0.1093	-0.0179	-0.1247	-0.0998	-0.1614	-0.5186	0.3029	-0.0302	-0.0313	-0.0541	-0.0421	0.0497	0.0406	-0.1229	-16.6314	2.7435	-26.3466
4	0.835	-0.4782	2.1017	1.2567	-1.3361	0.6751	-0.0258	0.023	-0.3018	0.0267	0.1265	0.0555	0.2668	-0.1582	-0.1007	0.0128	-0.1439	0.0618	0.1166	-0.0612	-0.1286	-7.2258	-14.1905	12.2756
5	1.9235	0.354	-0.3438	5.161	-0.6551	-0.0392	-0.0993	-0.2896	0.1699	0.2942	0.2217	0.4036	-0.0205	-0.3949	-0.1224	-0.161	0.0002	-0.0182	0.1553	-0.0868	-0.2307	-3.7846	4.0583	18.0535
6	6.2161	2.0267	-1.3886	3.8943	0.6755	3.0419	-0.1111	0.1497	0.4435	-0.0498	0.2711	0.2156	-0.1638	-0.2756	-0.16	-0.0733	0.1492	-0.0836	-0.0683	0.0132	-0.0626	0.7601	15.639	11.3441
7	3.5255	0.7274	-0.6725	4.6906	0.1554	2.9599	-0.2844	-0.2415	-0.2087	0.4789	0.2692	-0.313	0.4199	-0.1444	0.0153	-0.1833	0.0545	-0.0722	0.0183	-0.0503	-0.2704	4.3426	0.3612	14.4299
8	4.1051	-2.685	2.5017	0.0074	-1.5971	1.3334	-0.103	-0.1219	-0.1704	0.2459	0.061	-0.1874	0.4461	0.1579	0.042	-0.0057	0.1465	-0.1016	-0.2023	0.0453	0.2037	13.4689	-17.9369	20.2124
9	-0.5839	1.5612	1.4017	8.272	2.2828	7.2093	0.0925	0.0997	0.2227	-0.0863	-0.0116	0.223	-0.4543	-0.173	-0.0809	0.0607	0.1465	0.1395	-0.2013	0.0205	-0.0011	-44.4884	-10.3698	58.9415
10	4.9006	0.5643	0.5565	4.8737	0.2056	1.7497	0.1026	-0.1196	-0.2701	0.334	0.0572	0.1904	0.4099	-0.5716	-0.1598	-0.1306	-0.0974	-0.0878	-0.1796	0.0257	-0.0631	-39.352	-37.9795	57.9298
11	2.7102	0.5492	-0.5514	2.957	0.0431	2.785	0.186	0.1942	0.2282	-0.2178	0.0102	-0.2038	-0.2674	-0.1547	-0.1962	-0.0583	0.0044	0.0471	-0.1643	-0.0123	-0.0758	-34.1184	-24.4044	56.1832
12	3.2841	3.0339	0.1184	5.4869	-0.8701	4.1501	-0.0527	0.375	0.4148	-0.2456	0.1725	-0.0515	-0.2937	0.4991	-0.1198	0.2049	-0.1335	0.2197	-0.2885	0.0733	-0.1413	-25.9384	-6.4536	46.9781
13	-0.5003	-1.3907	2.3086	5.3771	1.7261	0.7807	0.0353	0.0405	-0.4442	-0.1423	-0.0309	-0.1381	0.186	0.2063	-0.0044	-0.0327	0.1435	-0.0411	0.0661	0.058	-0.061	-3.1119	23.9204	55.0998
14	3.4428	-0.9849	-0.8213	3.0014	0.294	1.8245	-0.0257	0.4574	0.5582	-0.1839	0.0995	-0.2607	-0.1628	0.4939	-0.0738	-0.2032	-0.0743	-0.1646	-0.0274	0.1205	-0.0381	-9.7376	46.4184	51.8842
15	4.0954	0.6401	1.6821	4.2751	-1.5795	4.4849	-0.0914	0.1268	0.507	0.3547	-0.0742	-0.2847	-0.158	0.3386	0.1655	-0.2472	-0.0264	-0.2136	-0.2252	0.0779	0.2426	-9.2391	49.8492	58.9077
16	3.9301	-0.6519	0.3268	4.1605	-0.2248	1.6053	0.0205	0.5111	-0.0984	-0.3623	-0.0263	-0.0797	0.3546	0.2442	0.0058	-0.1224	-0.0051	-0.0933	-0.0674	0.0841	-0.1357	-14.5974	35.8271	51.4664
17	5.4731	-1.9355	-0.6144	2.532	0.2361	4.5524	-0.1092	-0.1405	0.209	0.2833	-0.0536	0.3186	0.5096	-0.1406	0.1628	-0.1082	-0.0367	-0.0951	-0.1635	0.0668	-0.0141	-17.7361	38.0531	59.0537
18	4.2534	2.5668	0.1213	2.7986	2.29	2.1991	-0.0409	0.4216	-0.3071	-0.1543	0.0346	0.4068	0.2824	-0.0786	0.0064	-0.0503	-0.125	-0.1347	-0.2814	-0.1748	0.2519	-23.7686	19.6798	47.8395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|8 - 53}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|54 - 283}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|284 - 354}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|9 - 37}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|38 - 78}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|79 - 124}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|125 - 293}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|294 - 353}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|8 - 53}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|54 - 124}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|125 - 291}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|292 - 354}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{D\|11 - 36}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{D\|37 - 102}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|103 - 144}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|145 - 226}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|227 - 293}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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