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万見
- PDB-5es1: CRYSTAL STRUCTURE OF MICROTUBULE AFFINITY-REGULATING KINASE 4 CAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5es1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MICROTUBULE AFFINITY-REGULATING KINASE 4 CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH A PYRAZOLOPYRIMIDINE INHIBITOR
要素MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / MARK4 PAR-1 SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE11 / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cilium organization / gamma-tubulin complex / positive regulation of protein localization to centrosome / cytoskeletal anchor activity / positive regulation of cilium assembly / regulation of centrosome cycle / microtubule bundle formation / gamma-tubulin binding / positive regulation of programmed cell death / tau-protein kinase activity ...cilium organization / gamma-tubulin complex / positive regulation of protein localization to centrosome / cytoskeletal anchor activity / positive regulation of cilium assembly / regulation of centrosome cycle / microtubule bundle formation / gamma-tubulin binding / positive regulation of programmed cell death / tau-protein kinase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / microtubule organizing center / positive regulation of cell cycle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / ubiquitin binding / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / nervous system development / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / intracellular signal transduction / ciliary basal body / protein phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5RC / MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sack, J.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of microtubule affinity-regulating kinase 4 catalytic domain in complex with a pyrazolopyrimidine inhibitor.
著者: Sack, J.S. / Gao, M. / Kiefer, S.E. / Myers, J.E. / Newitt, J.A. / Wu, S. / Yan, C.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0932
ポリマ－37,6191
非ポリマー4731
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.478, 111.478, 69.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 MAP/microtubule affinity-regulating kinase 4 / MAP/microtubule affinity-regulating kinase-like 1


分子量: 37619.363 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC AND UBA DOMAINS, RESIDUES 44-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARK4, KIAA1860, MARKL1 / プラスミド: pET16B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3
参照: UniProt: Q96L34, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5RC / ~{N}-[(1~{R},6~{R})-6-azanyl-2,2-bis(fluoranyl)cyclohexyl]-5-ethyl-4-[6-(trifluoromethyl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]thiophene-2-carboxamide


分子量: 473.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20F5N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.88 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12441 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 101.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FE3

3fe3


解像度: 2.8→36.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9097 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU R Cruickshank DPI: 0.573 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.522 / SU Rfree Blow DPI: 0.36 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.374
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3109 657 5.29 %RANDOM
Rwork0.239 11769 --
obs0.2426 12426 98.96 %-
原子変位パラメータBiso max: 168.26 Å2 / Biso mean: 98.68 Å2 / Biso min: 62.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.961 Å20 Å20 Å2
2--19.961 Å20 Å2
3----39.9221 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.435 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→36.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2285 0 32 8 2325
Biso mean--77.7 98.35 -
残基数----304
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d780SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes371HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2365HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion320SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2673SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2365HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3227HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.48
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.04 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 156 5.43 %
Rwork0.2706 2716 -
all0.2733 2872 -
obs--96.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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