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- PDB-5e4o: Human transthyretin (TTR) complexed with (Z)-((3,4-Dichloro-pheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4o
タイトルHuman transthyretin (TTR) complexed with (Z)-((3,4-Dichloro-phenyl)-methyleneaminooxy)-acetic acid
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Fluorenone based Fibrillogenesis inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L57 / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ciccone, L. / Savko, M. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Orlandini, E. / Stura, E.A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Ministero dell'IstruzionePRIN 20109MXHMR_007 イタリア
引用ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2016
タイトル: Synthesis and structural analysis of halogen substituted fibril formation inhibitors of Human Transthyretin (TTR).
著者: Ciccone, L. / Nencetti, S. / Rossello, A. / Stura, E.A. / Orlandini, E.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3134
ポリマ－25,6652
非ポリマー6482
水2,846158
1
A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子

A: Transthyretin
B: Transthyretin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6268
ポリマ－51,3304
非ポリマー1,2974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.470, 84.930, 63.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

L57

21A-201-

L57

31A-201-

L57

41B-201-

L57

51B-201-

L57

61B-201-

L57

71A-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 12832.397 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-146 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-L57 / ({(Z)-[(3,4-dichlorophenyl)(phenyl)methylidene]amino}oxy)acetic acid


分子量: 324.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C15H11Cl2NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 % / 解説: Long jagged crystal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 5mg/ml TTR and 1 milli-M inhibitor. Precipitant: 25% PEG4K, 0.2M imidazole malate, pH 6.0. Slow dessication over 18 months, rehydrated over 4 hours. Cryoprotectant: 40% CryoSol SM1, ...詳細: Protein: 5mg/ml TTR and 1 milli-M inhibitor. Precipitant: 25% PEG4K, 0.2M imidazole malate, pH 6.0. Slow dessication over 18 months, rehydrated over 4 hours. Cryoprotectant: 40% CryoSol SM1, 25% MPEG 5K, 0.1M (Na acetate, ADA, Bicine, 80% pH 4.0/20% pH 9.0)
PH範囲: 5-6 / Temp details: cooled incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo-nozzle
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月1日
詳細: a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射モノクロメーター: cryogenically cooled channel-cut Si[111] monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.467 Å / Num. all: 38665 / Num. obs: 38419 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.93 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 15.19
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 4.849 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMACRigid body位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→38.696 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1920 5 %Random selection
Rwork0.1928 ---
obs0.1935 38397 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 0 158 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172129
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0222938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.17780
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.53750.31651320.33672517X-RAY DIFFRACTION98
1.5375-1.57910.33811350.31052557X-RAY DIFFRACTION99
1.5791-1.62560.31340.28242557X-RAY DIFFRACTION99
1.6256-1.6780.30181380.2732604X-RAY DIFFRACTION100
1.678-1.7380.33311360.25292590X-RAY DIFFRACTION99
1.738-1.80760.26531350.23582570X-RAY DIFFRACTION100
1.8076-1.88990.22381370.20952607X-RAY DIFFRACTION100
1.8899-1.98950.21271370.19632591X-RAY DIFFRACTION100
1.9895-2.11410.18931360.18462590X-RAY DIFFRACTION100
2.1141-2.27730.19161380.17722616X-RAY DIFFRACTION100
2.2773-2.50650.21051380.18412626X-RAY DIFFRACTION100
2.5065-2.86910.20391400.18092649X-RAY DIFFRACTION100
2.8691-3.61430.16261400.16742666X-RAY DIFFRACTION100
3.6143-38.70870.19751440.18082737X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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