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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dnn | ||||||
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タイトル | Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / nucleosome / gold antitumour compound / ruthenium antitumour compound / histone binding / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Adhireksan, Z. / Ma, Z. / Davey, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Allosteric cross-talk in chromatin can mediate drug-drug synergy 著者: Adhireksan, Z. / Palermo, G. / Riedel, T. / Ma, Z. / Muhammad, R. / Rothlisberger, U. / Dyson, P.J. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dnn.cif.gz | 326.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dnn.ent.gz | 248 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dnn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dnn_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dnn_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5dnn_validation.xml.gz | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dnn_validation.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dnn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 13907.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44749.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44740.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 8分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→48.87 Å / Num. obs: 51082 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 76.6 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DNM 解像度: 2.8→48.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 14.221 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.83 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.672 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.87 Å
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拘束条件 |
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