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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dj3 | ||||||
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タイトル | Structure of the PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP with D-Arginine Bound | ||||||
要素 | PLP-Dependent L-Arginine Hydroxylase MppP | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / aminotransferase / hydroxylase / enduracididine / pyridoxal 5'-phosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces wadayamensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.227 Å | ||||||
データ登録者 | Silvaggi, N.R. / Han, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015 タイトル: Streptomyces wadayamensis MppP Is a Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent l-Arginine alpha-Deaminase, gamma-Hydroxylase in the Enduracididine Biosynthetic Pathway. 著者: Han, L. / Schwabacher, A.W. / Moran, G.R. / Silvaggi, N.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5dj3.cif.gz | 786.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5dj3.ent.gz | 669.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5dj3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5dj3_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5dj3_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5dj3_validation.xml.gz | 58.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5dj3_validation.cif.gz | 81.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/5dj3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41537.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces wadayamensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A0X1KHF5*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-5DK / ( #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 % / 解説: Rectangular plates |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 550 MMe, 50mM MgCl2, 100mM HEPES pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→44.53 Å / Num. obs: 79816 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Holo-MppP (5DJ1) 解像度: 2.227→44.53 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.227→44.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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