PDB-5d3r: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD42

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d3r

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD42

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Bromodomain / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d3r.cif.gz	70.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d3r.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d3r_validation.pdf.gz	746.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d3r_full_validation.pdf.gz	747.7 KB	表示
XML形式データ	5d3r_validation.xml.gz	8.4 KB	表示
CIF形式データ	5d3r_validation.cif.gz	10.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d25C 5d26C 5d3hC 5d3jC 5d3lC 5d3nC 5d3pC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7khl-1 4o76-4 5wmg-d 4bw3-d 5d26-d 5mli-d 6xv3-1 4ogj-2 4o77-1 4uix-1 4o76-2 4cfl-d 6xv3-2 6fnx-d 5vom-1 3uvx-d 6rwj-d 4z1s-2 4o71-1 4o7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.430, 47.460, 57.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: First bromodomain, UNP residues 42-168 / 変異: T43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-57C / 4-acetyl-N-[3-(azepan-1-ylsulfonyl)phenyl]-5-methyl-3-propyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 445.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₁N₃O₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Bis-tris, sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→15.3 Å / Num. obs: 6065 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / R_merge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 869 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→15.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 14.698 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.582 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24302	584	9.7 %	RANDOM
R_work	0.21519	-	-	-
obs	0.21787	5460	98.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→15.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	31	65	1158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.199	2.004	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.766	3	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.414	5	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.608	25.926	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.017	15	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.163	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	251
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.148	0.881	507
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.148	0.88	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.272	1.32	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.272	1.32	633
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.354	1.013	618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.354	1.018	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.653	1.516	902
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.8	8.689	4701
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.667	8.641	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	48	-
R_work	0.305	401	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5044	1.3648	0.6213	3.972	0.2491	8.1299	0.1628	-0.0622	-0.1268	0.401	-0.2212	-0.3887	0.2583	0.2444	0.0584	0.1146	-0.0014	0.0051	0.1021	-0.0143	0.1676	22.5562	-10.8059	-19.531
2	2.3042	-1.0372	2.5017	0.8375	0.6917	11.7284	0.052	0.3305	0.0426	-0.0057	-0.0948	-0.0057	0.2465	0.6358	0.0428	0.1342	-0.0086	-0.0123	0.1152	0.0194	0.1517	10.5809	-6.9805	-33.7345
3	3.5611	-0.9068	0.5714	3.5119	3.6384	6.9659	-0.2899	0.2619	0.2839	-0.3456	-0.0202	0.179	-0.2368	-0.281	0.31	0.1345	-0.0723	-0.0154	0.0962	0.0034	0.1478	-2.8174	-2.3142	-27.572
4	5.0837	-1.1633	3.1559	0.5158	-0.9886	4.9928	-0.1207	-0.2319	0.6325	0.2339	-0.1148	0.0209	-0.3117	-0.3043	0.2356	0.2384	-0.0942	0.0597	0.1633	-0.1682	0.2572	2.8978	-0.5559	-11.281
5	7.041	-2.0428	1.7353	0.6993	-0.0687	2.3592	-0.0409	-0.0609	-0.0102	0.0399	0.0737	-0.0104	-0.048	0.3029	-0.0328	0.1659	-0.0455	-0.0264	0.1409	-0.0304	0.1502	19.1386	-7.5075	-10.5549
6	4.4045	-1.6045	1.7262	2.2306	-0.0133	5.4421	0.0335	-0.095	0.0517	0.2655	-0.0249	-0.116	0.0134	0.2688	-0.0086	0.0616	-0.0244	0.013	0.0311	-0.0119	0.0769	12.822	-10.0531	-18.5994
7	1.5303	0.3799	-0.3011	0.1322	-0.6517	8.9046	-0.0276	0.1565	0.0088	-0.0115	0.0411	0.0045	-0.013	-0.0167	-0.0135	0.1219	-0.0058	0.0209	0.0493	-0.0142	0.1086	1.546	-9.9413	-25.5807
8	2.5564	-1.1539	-0.4453	5.0991	-6.1363	8.9108	-0.0933	-0.2111	0.0798	-0.0067	0.2181	0.0511	0.1941	-0.1792	-0.1248	0.1955	-0.0814	0.0011	0.0634	-0.0187	0.0685	6.3077	-14.7226	-12.689
9	3.5129	-0.9808	0.5013	2.3817	-1.1514	3.9767	-0.0049	-0.6761	-0.0154	0.8566	0.2004	0.158	0.2352	0.1286	-0.1955	0.4964	0.0078	0.0156	0.2228	0.0102	0.07	7.8951	-13.8925	-4.0093
10	9.0249	1.0777	2.9001	4.4492	4.4415	4.8149	-0.0598	-0.594	0.1018	0.1306	-0.0255	0.0815	0.1132	-0.1573	0.0852	0.1245	-0.0382	0.0146	0.1917	0.004	0.1974	-5.9897	-7.6958	-11.8197
11	4.6605	4.3685	7.2256	4.1029	6.7825	11.2175	-0.1027	-0.2005	0.2594	-0.1087	-0.2196	0.1999	-0.1378	-0.3445	0.3223	0.3375	-0.0271	0.0192	0.2342	0.0385	0.3451	-10.8765	-5.8773	-26.2433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	57 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	68 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	83 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	95 - 117
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	118 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	130 - 137
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	138 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	155 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	164 - 168

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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