PDB-5bnr: E. coli Fabh with small molecule inhibitor 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bnr

タイトル

E. coli Fabh with small molecule inhibitor 2

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / Fabh / Fatty acid synthesis / anti-bacterials / Transferase-Transferase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Kazmirski, S.L. / McKinney, D.C.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2016
タイトル: Antibacterial FabH Inhibitors with Mode of Action Validated in Haemophilus influenzae by in Vitro Resistance Mutation Mapping.
著者: McKinney, D.C. / Eyermann, C.J. / Gu, R.F. / Hu, J. / Kazmirski, S.L. / Lahiri, S.D. / McKenzie, A.R. / Shapiro, A.B. / Breault, G.

履歴

登録	2015年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bnr.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bnr.ent.gz	103 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5bnr_validation.pdf.gz	669.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bnr_full_validation.pdf.gz	671.3 KB	表示
XML形式データ	5bnr_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5bnr_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/5bnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z8dC 5bnmC 5bnsC 5bqsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fzf-d 6z9d-d 1zow-2 6kvs-d 1zow-1 6dht-d 1esg-d 4zuw-d 1a9b-2 3kww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.041, 73.041, 94.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-652- HOH
2	1	A-722- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / EcFabH 分子量: 33547.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fabH, b1091, JW1077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 化合物	ChemComp-4VL / 1-{5-[2-fluoro-5-(hydroxymethyl)phenyl]pyridin-2-yl}piperidine-4-carboxylic acid 分子量: 330.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₉FN₂O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 14% PEG 4000, magnesium chloride, 0.1 M Tris / PH範囲: 7.9-8.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→30.88 Å / Num. obs: 21082 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 10.98 % / R_merge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER	2.11.6	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 1.89→30.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9495 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9335 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU R_free Blow DPI: 0.17 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.162

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2449	1081	5.13 %	RANDOM
R_work	0.2003	-	-	-
obs	0.2024	21055	99.68 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.81 Å² / B_iso mean: 31.32 Å² / B_iso min: 16.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6635 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.6635 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.327 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.224 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.89→30.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2287	0	24	258	2569
B_iso mean	-	-	38.35	43.34	-
残基数	-	-	-	-	309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	799	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	52	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	368	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2359	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	329	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3075	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2359	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3210	HARMONIC	2	1.05
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				17.23

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.98 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	158	5.76 %
R_work	0.2208	2584	-
all	0.225	2742	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 25.6867 Å / Origin y: 26.124 Å / Origin z: 20.6126 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0218 Å²	-0.0096 Å²	0.0052 Å²	-	-0.0181 Å²	0.0032 Å²	-	-	-0.0016 Å²
L	0.5615 °²	0.423 °²	0.131 °²	-	1.1568 °²	0.2497 °²	-	-	0.4286 °²
S	0.0581 Å °	-0.0443 Å °	-0.0454 Å °	0.0979 Å °	-0.0468 Å °	0.0812 Å °	0.0204 Å °	0.0085 Å °	-0.0113 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|1 - A|317 }

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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