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万見
- PDB-5b09: Polyketide cyclase OAC from Cannabis sativa bound with Olivetolic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b09
タイトルPolyketide cyclase OAC from Cannabis sativa bound with Olivetolic acid
要素Olivetolic acid cyclase
キーワードLYASE / Cannabis sativa / plant polyketide cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


olivetolic acid cyclase / olivetolic acid biosynthetic process / pollen tube adhesion / cannabinoid biosynthetic process / cyclase activity / terpenoid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stress-response A/B barrel domain-containing protein HS1/DABB1-like / Stress responsive alpha-beta barrel / Stress responsive A/B Barrel Domain / Stress-response A/B barrel domain profile. / Stress responsive A/B Barrel Domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-bis(oxidanyl)-6-pentyl-benzoic acid / Olivetolic acid cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yang, X. / Matsui, T. / Mori, T. / Abe, I. / Morita, H.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for olivetolic acid formation by a polyketide cyclase from Cannabis sativa
著者: Yang, X. / Matsui, T. / Kodama, T. / Mori, T. / Zhou, X. / Taura, F. / Noguchi, H. / Abe, I. / Morita, H.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Olivetolic acid cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4542
ポリマ－12,2301
非ポリマー2241
水1,00956
1
A: Olivetolic acid cyclase
ヘテロ分子

A: Olivetolic acid cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9094
ポリマ－24,4602
非ポリマー4492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.480, 30.440, 36.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Olivetolic acid cyclase


分子量: 12230.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OAC / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: I6WU39, olivetolic acid cyclase
#2: 化合物 ChemComp-4MX / 2,4-bis(oxidanyl)-6-pentyl-benzoic acid / オリベト-ル酸


分子量: 224.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 100mM Tris - HCl pH 8.8, 25%(w/v) PEG6000, 50mM olivetolic acid, 5%(v/v) methanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射モノクロメーター: Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 10098 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 92.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.96 Å32.11 Å
Translation2.96 Å32.11 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B08

5b08


解像度: 1.7→32.112 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 505 5 %Random selection
Rwork0.1968 9589 --
obs0.1981 10094 98.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.58 Å2 / Biso mean: 24.0696 Å2 / Biso min: 11.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→32.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 16 56 883
Biso mean--31.6 30.5 -
残基数----96
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01849
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1561149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.538305
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6998-1.87090.2651190.21792271239095
1.8709-2.14160.2431270.190324152542100
2.1416-2.69790.2391280.2124152543100
2.6979-32.11740.20431310.189724882619100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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