PDB-5aiv: Complex of human hematopoietic prostagandin D2 synthase (hH-PGDS)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aiv

タイトル

Complex of human hematopoietic prostagandin D2 synthase (hH-PGDS) in complex with an active site inhibitor.

要素

HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / PROSTAGLANDIN D2 SYNTHASE / PGDS INHIBITORS / INDOLE / FOCUSED SCREENING / HIT VALIDATION

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / locomotory behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Edfeldt, F. / Evenas, J. / Lepisto, M. / Ward, A. / Petersen, J. / Wissler, L. / Rohman, M. / Sivars, U. / Svensson, K. / Perry, M. ...

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Identification of Indole Inhibitors of Human Hematopoietic Prostaglandin D2 Synthase (Hh-Pgds).
著者: Edfeldt, F. / Even, J. / Lepisto, M. / Ward, A. / Petersen, J. / Wissler, L. / Rohman, M. / Sivars, U. / Svensson, K. / Perry, M. / Feierberg, I. / Zhou, X.H. / Hansson, T. / Narjes, F.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aiv.cif.gz	181.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aiv.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aiv_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aiv_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5aiv_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	5aiv_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5aisC 5aixC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ais-2 2vcq-1 5yx1-1 2vcx-1 2vd1-1 4edy-d 2cvd-1 2vd0-1 5ywe-1 5ywx-1 2vcw-1 6n4e-1 5ais-1 5yx1-2 6w8h-d 5ywe-2 1iyi-2 2cvd-2 3kxo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (11) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

B: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

C: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

D: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

ヘテロ分子

96 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

B: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

D: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.020, 124.020, 106.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

#1: タンパク質	HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE / HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D2 SYNTHASE / H-PGDS / GST CLASS-SI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / ...HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D2 SYNTHASE / H-PGDS / GST CLASS-SI GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / GLUTATHIONE-DEPENDENT PGD SYNTHASE / GLUTATHIONE-REQUIRING PROSTAGLANDIN D SYNTHASE / PROSTAGLANDIN-H2 D-ISOMERASE 分子量: 23377.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O60760, prostaglandin-D synthase, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-M1W / 3-(1H-indol-4-yl)-N-(3-methoxypropyl)-1,2,4-oxadiazole-5-carboxamide 分子量: 300.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆N₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.84 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→29.91 Å / Num. obs: 51254 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.04→29.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 5.001 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24635	2556	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20264	-	-	-
obs	0.20489	47575	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.352 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→29.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6552	0	170	429	7151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.032	1.975	9372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.769	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.558	24.286	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.381	15	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.315	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.44	1.5	3972
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.831	2	6460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.091	3	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.791	4.5	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	178	-
R_work	0.25	3395	-
obs	-	-	93.46 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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