+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5234 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | transfer-messenger RNA in complex with the ribosome in the resume state in E.coli cells | |||||||||
マップデータ | This is the map of the tmRNA-ribosome complex in the resume state | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | transfer-messenger RNA / trans-translation / small protein B | |||||||||
機能・相同性 | trans-translation / SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / rRNA binding / cytosol / SsrA-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Fu J / Hashem Y / Wower I / Lei J / Liao HY / Zwieb C / Wower J / Frank J | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2010 タイトル: Visualizing the transfer-messenger RNA as the ribosome resumes translation. 著者: Jie Fu / Yaser Hashem / Iwona Wower / Jianlin Lei / Hstau Y Liao / Christian Zwieb / Jacek Wower / Joachim Frank / 要旨: Bacterial ribosomes stalled by truncated mRNAs are rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA), a dual-function molecule that contains a tRNA-like domain (TLD) and an internal open reading frame (ORF). ...Bacterial ribosomes stalled by truncated mRNAs are rescued by transfer-messenger RNA (tmRNA), a dual-function molecule that contains a tRNA-like domain (TLD) and an internal open reading frame (ORF). Occupying the empty A site with its TLD, the tmRNA enters the ribosome with the help of elongation factor Tu and a protein factor called small protein B (SmpB), and switches the translation to its own ORF. In this study, using cryo-electron microscopy, we obtained the first structure of an in vivo-formed complex containing ribosome and the tmRNA at the point where the TLD is accommodated into the ribosomal P site. We show that tmRNA maintains a stable 'arc and fork' structure on the ribosome when its TLD moves to the ribosomal P site and translation resumes on its ORF. Based on the density map, we built an atomic model, which suggests that SmpB interacts with the five nucleotides immediately upstream of the resume codon, thereby determining the correct selection of the reading frame on the ORF of tmRNA. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5234.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5234-v30.xml emd-5234.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5234_1.jpg | 96.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5234 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5234_validation.pdf.gz | 333.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_5234_full_validation.pdf.gz | 333.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5234_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5234 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is the map of the tmRNA-ribosome complex in the resume state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : transfer-messenger RNA bound to ribosome complex
全体 | 名称: transfer-messenger RNA bound to ribosome complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: transfer-messenger RNA bound to ribosome complex
超分子 | 名称: transfer-messenger RNA bound to ribosome complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: ribosome
超分子 | 名称: ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: transfer-messenger RNA
分子 | 名称: transfer-messenger RNA / タイプ: rna / ID: 1 / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No |
---|---|
由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
温度 | 平均: 82 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 2000 / 平均電子線量: 24 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cartridge / 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Volumes |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 20873 |