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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d5y | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / CRPV IRES / TERMINATION / RELEASE FACTORS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å | |||||||||
![]() | Muhs, M. / Hilal, T. / Mielke, T. / Skabkin, M.A. / Sanbonmatsu, K.Y. / Pestova, T.V. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES. 著者: Margarita Muhs / Tarek Hilal / Thorsten Mielke / Maxim A Skabkin / Karissa Y Sanbonmatsu / Tatyana V Pestova / Christian M T Spahn / ![]() ![]() 要旨: The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the ...The cricket paralysis virus (CrPV) uses an internal ribosomal entry site (IRES) to hijack the ribosome. In a remarkable RNA-based mechanism involving neither initiation factor nor initiator tRNA, the CrPV IRES jumpstarts translation in the elongation phase from the ribosomal A site. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) maps of 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and 80S⋅CrPV-STOP ⋅ eRF1 complexes, revealing a previously unseen binding state of the IRES and directly rationalizing that an eEF2-dependent translocation of the IRES is required to allow the first A-site occupation. During this unusual translocation event, the IRES undergoes a pronounced conformational change to a more stretched conformation. At the same time, our structural analysis provides information about the binding modes of eRF1 ⋅ eRF3 ⋅ GMPPNP and eRF1 in a minimal system. It shows that neither eRF3 nor ABCE1 are required for the active conformation of eRF1 at the intersection between eukaryotic termination and recycling. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 190.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 346.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+60S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 43種, 43分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...
-RNA鎖 , 3種, 3分子 234
#44: RNA鎖 | 分子量: 1625917.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#45: RNA鎖 | 分子量: 62616.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: RNA鎖 | 分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-詳細
配列の詳細 | 4D5Y B 1 403 UNP P39023 RL3_HUMAN 1 403 4D5Y C 1 427 UNP P36578 RL4_HUMAN 1 427 4D5Y D 1 297 UNP ...4D5Y B 1 403 UNP P39023 RL3_HUMAN 1 403 4D5Y C 1 427 UNP P36578 RL4_HUMAN 1 427 4D5Y D 1 297 UNP P46777 RL5_HUMAN 1 297 4D5Y E 1 288 UNP Q02878 RL6_HUMAN 1 288 4D5Y F 1 248 UNP P18124 RL7_HUMAN 1 248 4D5Y G 1 266 UNP P62424 RL7A_HUMAN 1 266 4D5Y H 1 192 UNP P32969 RL9_HUMAN 1 192 4D5Y I 1 214 UNP P27635 RL10_HUMAN 1 214 4D5Y J 1 178 UNP P62913 RL11_HUMAN 1 178 4D5Y L 1 211 UNP P26373 RL13_HUMAN 1 211 4D5Y M 1 215 UNP P50914 RL14_HUMAN 1 215 4D5Y N 1 204 UNP P61313 RL15_HUMAN 1 204 4D5Y O 1 203 UNP P40429 RL13A_HUMAN 1 203 4D5Y P 1 184 UNP P18621 RL17_HUMAN 1 184 4D5Y Q 1 188 UNP Q07020 RL18_HUMAN 1 188 4D5Y R 1 196 UNP P84098 RL19_HUMAN 1 196 4D5Y S 1 176 UNP Q02543 RL18A_HUMAN 1 176 4D5Y T 1 160 UNP P46778 RL21_HUMAN 1 160 4D5Y U 1 128 UNP P35268 RL22_HUMAN 1 128 4D5Y V 1 140 UNP P62829 RL23_HUMAN 1 140 4D5Y W 1 157 UNP P83731 RL24_HUMAN 1 157 4D5Y X 1 156 UNP P62750 RL23A_HUMAN 1 156 4D5Y Y 1 145 UNP P61254 RL26_HUMAN 1 145 4D5Y Z 1 136 UNP P61353 RL27_HUMAN 1 136 4D5Y a 1 159 UNP P46776 RL27A_HUMAN 1 159 4D5Y b 1 159 UNP P47914 RL29_HUMAN 1 159 4D5Y c 1 115 UNP P62888 RL30_HUMAN 1 115 4D5Y d 1 125 UNP P62899 RL31_HUMAN 1 125 4D5Y e 1 135 UNP P62910 RL32_HUMAN 1 135 4D5Y f 1 110 UNP P18077 RL35A_HUMAN 1 110 4D5Y g 1 117 UNP P49207 RL34_HUMAN 1 117 4D5Y h 1 123 UNP P42766 RL35_HUMAN 1 123 4D5Y i 1 105 UNP Q9Y3U8 RL36_HUMAN 1 105 4D5Y j 1 97 UNP P61927 RL37_HUMAN 1 97 4D5Y k 1 70 UNP P63173 RL38_HUMAN 1 70 4D5Y l 1 51 UNP P62891 RL39_HUMAN 1 51 4D5Y m 1 128 UNP P62987 RL40_HUMAN 1 128 4D5Y o 1 106 UNP P83881 RL36A_HUMAN 1 106 4D5Y p 1 92 UNP P61513 RL37A_HUMAN 1 92 4D5Y t 1 137 UNP P46779 RL28_HUMAN 1 137 DBREF1 4D5Y u 1 210 UNP A0A087WNH5 DBREF2 4D5Y u A0A087WNH5_RABIT 1 210 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CRICKET PARALYSIS VIRUS IRES RNA BOUND TO MAMMALIAN 80S RIBOSOME AND ERF1 タイプ: RIBOSOME / 詳細: MICROGRAPHS SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT |
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緩衝液 | 名称: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP pH: 7.5 詳細: 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 2.5 MM MGCL2, 0.5 MM GTP |
試料 | 濃度: 1.38 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2012年4月17日 / 詳細: IMAGES SELECTED FOR ASTIGMATISM AND DRIFT |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 倍率(補正後): 65520 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 77 K |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 366 |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: DEFOCUS GROUPS | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: MULTI-REFERENCE TEMPLATE MATCHING / 解像度: 9 Å / 粒子像の数: 109596 / ピクセルサイズ(公称値): 1.56 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.56 Å 倍率補正: CROSS- -CORRELATION DENSITIES WITH REFERENCE STRUCTURE 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--RIGID BODY | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4CXD![]() 4cxd | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 9 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 9 Å
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