PDB-4c01: Complete crystal structure of carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c01

タイトル

Complete crystal structure of carboxylesterase Cest-2923 (lp_2923) from Lactobacillus plantarum WCFS1

要素

CEST-2923

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / de las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: Structure, Biochemical Characterization and Analysis of the Pleomorphism of Carboxylesterase Cest-2923 from Lactobacillus Plantarum Wcfs1
著者: Benavente, R. / Esteban-Torres, M. / Acebron, I. / De Las Rivas, B. / Munoz, R. / Alvarez, Y. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2013年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4c01.ent.gz	570.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4c01_validation.pdf.gz	533.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c01_full_validation.pdf.gz	577.5 KB	表示
XML形式データ	4c01_validation.xml.gz	75 KB	表示
CIF形式データ	4c01_validation.cif.gz	103.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c01	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bzwC 4bzzC 3d3nS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bzz-1 5jw6-1 6t8e-d 5nhm-d 5nh5-d 1nqo-1 1a0e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CEST-2923

B: CEST-2923

C: CEST-2923

D: CEST-2923

E: CEST-2923

F: CEST-2923

ヘテロ分子

190 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.886, 141.385, 82.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	CEST-2923 分子量: 31275.307 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LACTOBACILLUS PLANTARUM (バクテリア) 株: WCFS1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: F9US10, carboxylesterase

-
非ポリマー , 5種, 1045分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-QY9 / phenyl acetate / 酢酸フェニル分子量: 136.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₂
#5: 化合物	ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル分子量: 41.052 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃N
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1014 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.6 詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.15 M SODIUM ACETATE, PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9687
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9687 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49 Å / Num. obs: 124688 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 143.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 46.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D3N

3d3n

解像度: 2.3→49.205 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2792	6242	5 %
R_work	0.2252	-	-
obs	0.228	124342	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.205 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12828	0	150	1014	13992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	13384
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.163	18303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.311	4643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	2031
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3262	0.3905	199	0.3419	3949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3262-2.3535	0.3497	213	0.3242	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3823	0.3698	208	0.308	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3823-2.4124	0.3814	212	0.3158	3918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.3893	207	0.3061	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.3717	186	0.3122	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.3756	197	0.3032	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.3767	211	0.2939	3916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5904	0.3714	195	0.2983	3979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5904-2.6329	0.3534	223	0.2982	3858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6329-2.6782	0.3507	199	0.2758	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6782-2.7269	0.3631	210	0.2862	3951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7794	0.3412	189	0.259	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-2.8361	0.3351	185	0.2694	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.8978	0.3695	191	0.2711	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-2.9652	0.3376	229	0.2723	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9652-3.0393	0.3074	231	0.2773	3933	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0393-3.1215	0.3133	214	0.2575	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1215-3.2133	0.3174	239	0.2332	3936	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2133-3.317	0.2891	192	0.221	3927	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.4355	0.2621	214	0.2238	3988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4355-3.5731	0.2392	226	0.1945	3892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5731-3.7356	0.2503	218	0.2178	3812	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7356-3.9325	0.2146	206	0.1772	3966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9325-4.1788	0.2424	200	0.1683	3928	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1788-4.5012	0.1892	212	0.1426	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5012-4.9538	0.1787	216	0.1445	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9538-5.6697	0.1967	213	0.1625	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6697-7.1397	0.2274	239	0.1684	3944	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1397-49.2159	0.1831	168	0.1609	4060	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8662	-2.5798	6.5195	7.9898	-3.7624	4.8867	-0.3158	-0.25	0.6207	-0.6113	-0.2438	0.1887	-0.4741	-0.3832	0.5479	0.3067	0.1024	-0.0032	0.2272	-0.0341	0.4552	32.5811	-70.2277	5.5064
2	3.7748	0.0598	1.2464	1.505	0.359	2.0813	-0.2907	-0.4047	0.1687	-0.0673	0.1272	0.0933	-0.1143	-0.1017	0.1548	0.0502	0.0849	0.0155	0.1911	-0.0222	0.2154	24.7717	-70.3146	10.1486
3	6.2907	-3.1306	-6.0936	8.3748	7.1127	8.3449	-0.1463	-1.847	-1.2741	2.6365	0.3962	-0.9578	1.8829	0.5069	-0.2455	0.6668	-0.0041	-0.1677	0.8243	0.326	0.6086	31.1452	-81.5797	30.3267
4	3.2182	-0.1843	0.0737	0.3813	-0.0186	0.5875	-0.2033	-0.5204	0.3584	0.1425	0.0647	-0.0299	-0.1472	-0.1255	0.0572	0.1146	0.1635	-0.1013	0.4643	-0.1923	0.2756	24.6246	-65.3273	17.495
5	0.5191	0.3167	0.3528	0.1931	0.2157	0.2399	-0.1314	-0.516	0.2997	0.1635	0.0948	-0.1022	-0.081	-0.0507	0.0317	0.3844	0.2563	-0.1236	1.0853	-0.4103	0.4876	20.9355	-62.3476	30.9551
6	1.0862	0.0259	-0.2795	0.0379	-0.1546	0.6455	-0.1618	-0.7765	0.2762	0.307	0.3076	-0.2792	-0.0522	0.3539	-0.172	0.312	0.2364	-0.0491	0.8508	-0.2201	0.353	21.0258	-65.6027	23.5731
7	2.233	-0.4863	2.8615	2.344	-0.1383	3.7705	0.3395	-0.2041	-0.355	0.121	-0.0594	-0.2064	0.4655	-0.0117	-0.3118	0.4129	0.2224	0.0001	1.2638	0.2777	0.4414	18.0605	-80.2918	34.0946
8	4.3768	-4.8839	1.0643	7.0043	0.041	1.2296	-0.4761	-1.0038	-0.003	0.7309	0.6001	0.2595	-0.0788	-0.0094	-0.1193	0.3505	0.2446	-0.0865	0.9231	-0.3343	0.4599	11.7466	-62.9714	28.607
9	2.1125	-0.2276	-0.4636	0.5919	0.1499	1.2398	-0.2831	-0.8726	-0.1937	0.257	0.1122	0.0285	0.1205	-0.0184	0.0833	0.1071	0.1752	0.0641	0.7433	0.0769	0.2308	7.2027	-77.0168	18.987
10	6.7267	0.9277	-0.681	2.106	-0.4578	3.5789	-0.2509	-0.2598	-0.0249	-0.018	0.1775	0.8289	-0.1254	-0.2924	0.0671	0.0836	0.1008	-0.0424	0.2869	-0.0372	0.1924	7.7686	-72.556	8.2999
11	9.1848	4.8639	5.0222	2.5957	2.6434	2.7587	-0.417	-0.701	0.5373	0.2375	-0.1001	0.44	-0.2654	-0.5533	0.5195	0.3565	0.1257	0.0311	0.2407	-0.0581	0.3653	42.447	-64.5587	-5.4945
12	1.7151	0.0736	0.2142	5.932	4.3369	3.1801	0.0015	-0.2505	0.2919	0.1213	-0.0441	0.2443	0.0147	-0.1607	0.0545	0.21	-0.0248	0.0245	0.0589	-0.0341	0.2801	40.3414	-60.1409	-7.9619
13	1.6013	0.2882	0.573	4.5438	1.2427	2.8219	-0.239	0.0606	0.0965	-0.53	0.1159	-0.0764	-0.0648	-0.0611	0.1227	0.2387	-0.0531	-0.0094	0.0348	-0.0021	0.2185	49.8543	-56.5099	-11.3001
14	7.6397	4.2114	2.8212	4.9078	-2.5692	7.6194	-0.0249	0.31	-0.7952	-0.5773	-0.0648	-0.3999	1.1509	-0.0629	0.1073	1.0003	-0.3155	0.163	0.3967	-0.066	0.3272	50.8375	-65.9475	-30.1284
15	1.8701	1.7865	-0.1957	2.6548	0.2044	0.7112	-0.1001	0.0118	0.1438	-0.3331	-0.0632	0.3115	-0.2609	-0.0591	0.0799	0.4534	-0.0659	-0.2434	0.0749	-0.0176	0.2964	41.603	-54.6584	-16.0541
16	1.5333	-0.0952	0.2203	0.2237	0.2125	0.2668	-0.0407	0.3339	0.0949	-0.4429	0.0331	0.2575	-0.1141	-0.1106	-0.008	1.011	-0.2157	-0.3852	0.3911	0.1266	0.4444	41.5647	-50.4869	-30.9468
17	0.7569	0.1305	0.1296	1.7597	0.5289	0.7192	-0.2405	0.2936	-0.0993	-0.8419	0.2074	0.1916	0.0442	-0.0829	0.0268	0.9772	-0.21	-0.1459	0.2548	0.0418	0.2437	47.2031	-52.2191	-25.0961
18	5.1182	1.122	5.229	0.2816	1.2311	6.5634	0.2252	0.2352	-0.4429	0.0404	0.0438	-0.0849	0.77	0.3007	-0.2311	1.3456	-0.3249	0.3434	0.512	-0.1103	0.5209	58.2722	-59.2687	-34.77
19	0.6609	0.6017	0.0351	0.5742	-0.114	0.8348	-0.231	0.2969	-0.0962	-0.9265	0.1598	-0.0629	0.0584	0.0789	-0.0011	0.8773	-0.2553	-0.0127	0.1652	0.0028	0.242	58.9306	-45.5801	-20.7782
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24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 75:81)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID 82:130)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 131:138)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN C AND RESID 139:171)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN C AND RESID 172:183)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN C AND RESID 184:246)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 247:275)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN D AND RESID 1:6)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN D AND RESID 7:74)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN D AND RESID 75:81)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN D AND RESID 82:137)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN D AND RESID 138:162)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN D AND RESID 163:173)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID 174:183)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 184:192)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 193:246)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 247:275)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(CHAIN E AND RESID 1:6)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(CHAIN E AND RESID 7:29)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(CHAIN E AND RESID 30:74)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(CHAIN E AND RESID 75:84)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(CHAIN E AND RESID 85:130)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(CHAIN E AND RESID 131:138)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(CHAIN E AND RESID 139:162)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(CHAIN E AND RESID 163:181)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(CHAIN E AND RESID 182:246)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(CHAIN E AND RESID 247:275)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(CHAIN F AND RESID 1:6)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(CHAIN F AND RESID 7:29)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(CHAIN F AND RESID 30:72)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(CHAIN F AND RESID 73:86)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(CHAIN F AND RESID 87:130)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(CHAIN F AND RESID 131:138)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(CHAIN F AND RESID 139:162)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(CHAIN F AND RESID 163:194)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(CHAIN F AND RESID 195:246)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(CHAIN F AND RESID 247:275)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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