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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4zr6 | ||||||
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タイトル | Lymnaea Stagnalis Acetylcholine Binding Protein in Complex with 3-[(4E)-4-[(3-methylimidazol-4-yl)methylene]-2,3-dihydropyrrol-5-yl]pyridine | ||||||
要素 | Acetylcholine-binding protein | ||||||
キーワード | ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / acetylcholine / nicotinic / AChBP / Myosmine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / synaptic cleft / response to nicotine / postsynapse / neuron projection / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bobango, J. / Bryant, D. / Denton, T.T. / Talley, T.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure-guided design and analysis of arylidene anabaseines and myosmines 著者: Denton, T.T. / Bobango, J. / Talley, T.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4zr6.cif.gz | 198.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4zr6.ent.gz | 153.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4zr6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/4zr6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24859.496 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 20-229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P58154 #2: 化合物 | ChemComp-4QW / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.02 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 30% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 88 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.511→47.007 Å / Num. all: 41678 / Num. obs: 41678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 25.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 4ZJT & 4ZK1 解像度: 2.6→44.259 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.23 Å2 / Biso mean: 46.5787 Å2 / Biso min: 19.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→44.259 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %
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