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- PDB-4xqb: CRYSTAL STRUCTURE OF AD37 FIBER KNOB IN COMPLEX WITH TRIVALENT SI... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xqb | |||||||||||||||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF AD37 FIBER KNOB IN COMPLEX WITH TRIVALENT SIALIC ACID INHIBITOR ME0461 | |||||||||||||||||||||
![]() | Fiber | |||||||||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ADENOVIRUS / FIBER KNOB / PROTEIN CARBOHYDRATE INTERACTION / SIALIC ACID / CARBOHYDRATE MIMIC / MULTIVALENT LIGAND | |||||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Stehle, T. / Liaci, A.M. | |||||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Triazole linker-based trivalent sialic acid inhibitors of adenovirus type 37 infection of human corneal epithelial cells. Authors: Caraballo, R. / Saleeb, M. / Bauer, J. / Liaci, A.M. / Chandra, N. / Storm, R.J. / Frangsmyr, L. / Qian, W. / Stehle, T. / Arnberg, N. / Elofsson, M. | |||||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 196.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 966.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 44.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4k6tC ![]() 4k6uC ![]() 4k6vC ![]() 4k6wC ![]() 4xqaC ![]() 1uxeS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 21716.535 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 177-365 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FRAGMENT: FIBER KNOB / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-425 / | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 / Details: 28% PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.05M zinc acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 10, 2014 |
Radiation | Monochromator: Si111-DCM with sagital bender / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.597→50 Å / Num. obs: 83280 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.597→1.69 Å / Redundancy: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.656 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1uxe Resolution: 1.597→45.541 Å / FOM work R set: 0.8978 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.72 Å2 / Biso mean: 21.13 Å2 / Biso min: 6.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.597→45.541 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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