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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x6m | ||||||
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タイトル | FACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR 1-{(1S)-1-[4-(3-amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro-1H-imidazol-2-yl]-2-phenylethyl}-3-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]urea | ||||||
要素 | Coagulation factor XI, light chain | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Structure-based design of inhibitors of coagulation factor XIa with novel P1 moieties. 著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, ...著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, S. / Myers, J.E. / Morin, P.E. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Tetrahydroquinoline derivatives as potent and selective factor XIa inhibitors. 著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. ...著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. / Rendina, A.R. / Rossi, K.A. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zhang, G. / Seiffert, D. / Wexler, R.R. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Phenylimidazoles as potent and selective inhibitors of coagulation factor XIa with in vivo antithrombotic activity. 著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / ...著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / Watson, C.A. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Bisacchi, G.S. / Subramaniam, S. / Arunachalam, P. / Mathur, A. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Pyridine and pyridinone-based factor XIa inhibitors. 著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D. ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x6m.cif.gz | 69 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4x6m.ent.gz | 50 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4x6m_validation.pdf.gz | 764.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4x6m_full_validation.pdf.gz | 764.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4x6m_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4x6m_validation.cif.gz | 18.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | chain A |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 27600.342 Da / 分子数: 1 / 変異: N113G, T115G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-3Y3 / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 26%(w/v) MEPEG2000, 200 MM AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 15480 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 39.53 Å2 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: FACTOR XIA DOUBLE MUTANT 解像度: 2.4→21.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.203
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.276 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→21.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.57 Å / Total num. of bins used: 8
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