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- PDB-4v25: VER-246608, a novel pan-isoform ATP competitive inhibitor of pyru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v25
タイトルVER-246608, a novel pan-isoform ATP competitive inhibitor of pyruvate dehydrogenase kinase, disrupts Warburg metabolism and induces context- dependent cytostasis in cancer cells
要素[PYRUVATE DEHYDROGENASE (ACETYL-TRANSFERRING)] KINASE ISOZYME 2, MITOCHONDRIAL
キーワードTRANSFERASE / GLYCOLYSIS / WARBURG METABOLISM / NOV3R
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of ketone metabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of ketone metabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SZ6 / Chem-TF3 / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Moore, J.D. / Staniszewska, A. / Shaw, T. / D'Alessandro, J. / Davis, B. / Surgenor, A. / Baker, L. / Matassova, N. / Murray, J. / Macias, A. ...Moore, J.D. / Staniszewska, A. / Shaw, T. / D'Alessandro, J. / Davis, B. / Surgenor, A. / Baker, L. / Matassova, N. / Murray, J. / Macias, A. / Brough, P. / Wood, M. / Mahon, P.C.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2014
タイトル: VER-246608, a novel pan-isoform ATP competitive inhibitor of pyruvate dehydrogenase kinase, disrupts Warburg metabolism and induces context-dependent cytostasis in cancer cells.
著者: Moore, J.D. / Staniszewska, A. / Shaw, T. / D'Alessandro, J. / Davis, B. / Surgenor, A. / Baker, L. / Matassova, N. / Murray, J. / Macias, A. / Brough, P. / Wood, M. / Mahon, P.C.
履歴
登録2014年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [PYRUVATE DEHYDROGENASE (ACETYL-TRANSFERRING)] KINASE ISOZYME 2, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2294
ポリマ－46,2911
非ポリマー9383
水1,15364
1
A: [PYRUVATE DEHYDROGENASE (ACETYL-TRANSFERRING)] KINASE ISOZYME 2, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: [PYRUVATE DEHYDROGENASE (ACETYL-TRANSFERRING)] KINASE ISOZYME 2, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4588
ポリマ－92,5812
非ポリマー1,8766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.944, 108.944, 84.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 [PYRUVATE DEHYDROGENASE (ACETYL-TRANSFERRING)] KINASE ISOZYME 2, MITOCHONDRIAL / PYRUVATE DEHYDROGENASE KINASE ISOFORM 2 / PDH KINASE 2 / PDKI I


分子量: 46290.727 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-TF3 / N-(2-AMINOETHYL)-2-{3-CHLORO-4-[(4-ISOPROPYLBENZYL)OXY]PHENYL} ACETAMIDE


分子量: 360.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25ClN2O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SZ6 / N-[4-(2-chloro-5-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]-N-(4-{[(difluoroacetyl)amino]methyl}benzyl)-2,4-dihydroxybenzamide


分子量: 552.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H23ClF2N4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.8, 0.125 M MAGNESIUM CHLORIDE AND 6% ISOPROPANOL, 4OC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS4 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月23日 / 詳細: OSMIC BLUE
放射モノクロメーター: CU FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 17281 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.31 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.19 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: APO PDK2

解像度: 2.6→25.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 12.022 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25619 872 5 %RANDOM
Rwork0.19834 ---
obs0.20132 16403 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.94 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 65 64 2877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.9983897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8853.0036239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3085339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90224.016127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.99815492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2271515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 54 -
Rwork0.327 1194 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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