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- PDB-1a5k: K217E VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a5k
タイトルK217E VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE
要素
  • UREASE (ALPHA SUBUNIT)
  • UREASE (BETA SUBUNIT)
  • UREASE (GAMMA SUBUNIT)
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (UREA AMIDO) / MUTANT / NICKEL METALLOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pearson, M.A. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Chemical rescue of Klebsiella aerogenes urease variants lacking the carbamylated-lysine nickel ligand.
著者: Pearson, M.A. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.
#1: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1997
タイトル: 70 Years of Crystalline Urease: What Have We Learned?
著者: Karplus, P.A. / Pearson, M.A. / Hausinger, R.P.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: The Crystal Structure of Urease from Klebsiella Aerogenes
著者: Jabri, E. / Carr, M.B. / Hausinger, R.P. / Karplus, P.A.
履歴
登録1998年2月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE (GAMMA SUBUNIT)
B: UREASE (BETA SUBUNIT)
C: UREASE (ALPHA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,4623
ポリマ－82,4623
非ポリマー00
水3,189177
1
A: UREASE (GAMMA SUBUNIT)
B: UREASE (BETA SUBUNIT)
C: UREASE (ALPHA SUBUNIT)

A: UREASE (GAMMA SUBUNIT)
B: UREASE (BETA SUBUNIT)
C: UREASE (ALPHA SUBUNIT)

A: UREASE (GAMMA SUBUNIT)
B: UREASE (BETA SUBUNIT)
C: UREASE (ALPHA SUBUNIT)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,3859
ポリマ－247,3859
非ポリマー00
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area47440 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area55450 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.800, 170.800, 170.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 UREASE (GAMMA SUBUNIT)


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 変異: K217E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18316, urease
#2: タンパク質 UREASE (BETA SUBUNIT)


分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE (ALPHA SUBUNIT)


分子量: 60235.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
遺伝子: UREA, UREB, UREC / プラスミド: PKAU17 / 遺伝子 (発現宿主): UREA, UREB, UREC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P18314, urease
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM HEPES, PH 7.5, 1.6 M LI2SO4
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlurease1drop
210 mMTris-HCl1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
50.75-0.85 M1dropLi2SO4
650 mMHEPES1drop
71.5-1.7 M1reservoirLi2SO4
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 37683 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 74
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 74 % / Rmerge(I) obs: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
obs0.178 36954 94 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5787 0 0 177 5964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.403
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.243
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.245 3680 -
obs--71 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.243
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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