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- PDB-4ual: MRCK beta in complex with BDP00005290 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ual
タイトルMRCK beta in complex with BDP00005290
要素Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
キーワードTRANSFERASE / myotonic dystrophy kinase-related CDC42-binding kinase / metastasis / cell invasion
機能・相同性
機能・相同性情報


actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / cell leading edge / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction ...actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / cell leading edge / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. ...Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3FV / Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W.
引用ジャーナル: Cell Commun. Signal / 年: 2014
タイトル: A novel small-molecule MRCK inhibitor blocks cancer cell invasion.
著者: Unbekandt, M. / Croft, D.R. / Crighton, D. / Mezna, M. / McArthur, D. / McConnell, P. / Schuttelkopf, A.W. / Belshaw, S. / Pannifer, A. / Sime, M. / Bower, J. / Drysdale, M. / Olson, M.F.
履歴
登録2014年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5285
ポリマ－48,0231
非ポリマー5054
水3,513195
1
A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,05610
ポリマ－96,0472
非ポリマー1,0108
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.030, 44.030, 91.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MRCK beta / CDC42-binding protein kinase beta / CDC42BP-beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase- ...CDC42-binding protein kinase beta / CDC42BP-beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase-related CDC42-binding kinase beta / Myotonic dystrophy protein kinase-like beta


分子量: 48023.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42BPB, KIAA1124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y5S2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3FV / 4-chloro-1-(piperidin-4-yl)-N-[3-(pyridin-2-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1H-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 371.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18ClN7O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 12-18% PEG 3350, 100mM ammonium sulphate, 100mM sodium potassium tartrate, 100mM bis-tris pH 5.6
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→43.51 Å / Num. all: 46470 / Num. obs: 46470 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TKU

3tku


解像度: 1.71→43.51 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2363 2350 5.06 %
Rwork0.2047 --
obs0.2063 46468 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 32 195 3483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0173372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6864556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4461257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.74490.34321400.28582580X-RAY DIFFRACTION99
1.7449-1.78290.3111220.26392562X-RAY DIFFRACTION98
1.7829-1.82430.28631480.24782613X-RAY DIFFRACTION99
1.8243-1.870.3041440.24222579X-RAY DIFFRACTION99
1.87-1.92050.29911370.23492617X-RAY DIFFRACTION98
1.9205-1.9770.29711240.23162577X-RAY DIFFRACTION99
1.977-2.04080.26941460.22092552X-RAY DIFFRACTION97
2.0408-2.11380.2511510.21852569X-RAY DIFFRACTION97
2.1138-2.19840.28161480.22642581X-RAY DIFFRACTION98
2.1984-2.29850.27931150.23172596X-RAY DIFFRACTION97
2.2985-2.41960.29551390.23142536X-RAY DIFFRACTION97
2.4196-2.57120.26631450.2362563X-RAY DIFFRACTION96
2.5712-2.76970.29561250.24322555X-RAY DIFFRACTION96
2.7697-3.04840.24441270.21992588X-RAY DIFFRACTION97
3.0484-3.48930.21321630.19372635X-RAY DIFFRACTION99
3.4893-4.39550.17311290.15562702X-RAY DIFFRACTION99
4.3955-43.52010.19641470.17832713X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08740.20730.39460.5011-0.37522.19970.0238-0.20130.02620.1725-0.01340.0402-0.13820.0238-0.00930.163-0.0320.00460.08730.01750.12530.02924.34238.1204
22.7684-0.61411.38650.567-0.25880.8704-0.07440.12480.07490.02470.0513-0.0685-0.09010.20870.01930.2419-0.0603-0.01170.23880.01160.106628.78660.409223.583
32.0162-0.57710.78920.8057-0.80721.08090.0252-0.4811-0.30640.3680.05470.0028-0.0479-0.1417-0.05590.3332-0.0412-0.04560.19870.06180.17912.5124-3.357420.0875
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 343 through 417 )A343 - 417
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 101 through 342 )A101 - 342
3X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 100A-1 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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