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- PDB-4u3b: LpxC from A.Aaeolicus in complex with the MMP inhibitor 4-[[4-(4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4u3b
タイトルLpxC from A.Aaeolicus in complex with the MMP inhibitor 4-[[4-(4-chlorophenoxy)phenyl]sulfanylmethyl]tetrahydropyran-4-carbohydroxamic acid - compound 2
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE / antibacterial / lpxc / gram negative bacteria / MMP / hydrophobe
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3BW / IMIDAZOLE / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Olivier, N.B.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Synthesis, Structure, and SAR of Tetrahydropyran-Based LpxC Inhibitors.
著者: Murphy-Benenato, K.E. / Olivier, N. / Choy, A. / Ross, P.L. / Miller, M.D. / Thresher, J. / Gao, N. / Hale, M.R.
履歴
登録2014年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6547
ポリマ－30,9901
非ポリマー6656
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.929, 65.929, 133.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 30989.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: lpxC, envA, aq_1772 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O67648, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 5種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-3BW / 4-({[4-(4-chlorophenoxy)phenyl]sulfanyl}methyl)-N-hydroxytetrahydro-2H-pyran-4-carboxamide


分子量: 393.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20ClNO4S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: Protein buffer: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 0.1 mM ZnSO4, 5% glycerol. Well solution: 15% PEG 550 MME, 15% PEG 20K, 50 mM Imidazole and 50 mM MES (Morpheus buffer 1), pH 6.5, 2% 1,6- ...詳細: Protein buffer: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 0.1 mM ZnSO4, 5% glycerol. Well solution: 15% PEG 550 MME, 15% PEG 20K, 50 mM Imidazole and 50 mM MES (Morpheus buffer 1), pH 6.5, 2% 1,6-Hexanediol; 2% 1-Butanol 1,2-Propanediol (racemic); 2% 2-Propanol; 2% 1,4-Butanediol; 2% 1,3-Propanediol
PH範囲: 6.4 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月6日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→133 Å / Num. all: 71559 / Num. obs: 71559 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.34→1.42 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BUSTER2.11.2精密化
XSCALEデータ削減
精密化解像度: 1.34→26.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9629 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9538 / SU R Cruickshank DPI: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.046 / SU Rfree Blow DPI: 0.048 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.047
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1841 3599 5.03 %RANDOM
Rwork0.1629 ---
obs0.164 71490 97.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 92.25 Å2 / Biso mean: 21.53 Å2 / Biso min: 6.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3654 Å20 Å20 Å2
2--2.3654 Å20 Å2
3----4.7307 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.147 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 35 334 2507
Biso mean--20.37 35.44 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d790SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes55HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes330HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2224HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2900SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2224HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2997HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.2
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 193 4.87 %
Rwork0.1963 3774 -
all0.1975 3967 -
obs--97.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.9504 Å / Origin y: 29.7967 Å / Origin z: 0.0017 Å
111213212223313233
T-0.034 Å2-0.0016 Å20.0028 Å2--0.034 Å2-0.0031 Å2---0.0248 Å2
L0.7414 °20.0429 °2-0.2781 °2-0.5712 °20.2973 °2--0.5965 °2
S-0.006 Å °-0.0352 Å °-0.0254 Å °0.0339 Å °-0.0088 Å °-0.0046 Å °0.0356 Å °0.0409 Å °0.0147 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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