[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6zu3: Crystal structure of a cyclodipeptide synthase from Bacillus ther... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zu3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a cyclodipeptide synthase from Bacillus thermoamylovorans | ||||||
Components | Cyclodipeptide synthase, BtCDPS | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / CDPS / cyclodipeptide synthase | ||||||
Function / homology | Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / aminoacyltransferase activity / Cyclodipeptide synthase Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus thermoamylovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Harding, C.J. / Czekster, C.M. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Rsc Chem Biol / Year: 2021 Title: Bypassing the requirement for aminoacyl-tRNA by a cyclodipeptide synthase enzyme. Authors: Harding, C.J. / Sutherland, E. / Hanna, J.G. / Houston, D.R. / Czekster, C.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zu3.cif.gz | 111.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6zu3.ent.gz | 85.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/6zu3 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6ztuSC 7azuC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 27261.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: S33A mutation / Source: (gene. exp.) Bacillus thermoamylovorans (bacteria) / Gene: yvmC, BT1A1_1686 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A090KS30 |
---|---|
#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.22 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Na Citrate pH 5.5, 37.5 % PEG 550 MME, 5 % 1,2-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 19, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→56.46 Å / Num. obs: 29166 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 27.9 / Num. measured all: 766387 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6ZTU Resolution: 1.78→56.455 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.13 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 116.38 Å2 / Biso mean: 45.9466 Å2 / Biso min: 26.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→56.455 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|