PDB-4twd: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4twd

タイトル

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine

要素

Cys-loop ligand-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ELIC / LGIC / cys-loop / channel / memantine / pore blocker

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Dickeya chrysanthemi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Lu, H. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C.R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: The Prokaryote Ligand-Gated Ion Channel ELIC Captured in a Pore Blocker-Bound Conformation by the Alzheimer's Disease Drug Memantine.
著者: Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Han, L. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C.

履歴

登録	2014年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4twd.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4twd.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4twd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4twd_validation.pdf.gz	555 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4twd_full_validation.pdf.gz	671.4 KB	表示
XML形式データ	4twd_validation.xml.gz	114 KB	表示
CIF形式データ	4twd_validation.cif.gz	150 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/4twd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4twfC 4twhC 2vl0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4twf-1 3zkr-1 3uq5-2 3uq5-1 3uq7-1 2vl0-1 3uq4-2 3uq4-1 4a98-2 3rqu-2 5heo-2 4z91-2 4a98-1 5hew-2 2yks-1 5lid-1 3rqw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (5) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

355 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cys-loop ligand-gated ion channel

B: Cys-loop ligand-gated ion channel

C: Cys-loop ligand-gated ion channel

D: Cys-loop ligand-gated ion channel

E: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Cys-loop ligand-gated ion channel

G: Cys-loop ligand-gated ion channel

H: Cys-loop ligand-gated ion channel

I: Cys-loop ligand-gated ion channel

J: Cys-loop ligand-gated ion channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
177 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.482, 265.284, 111.098
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cys-loop ligand-gated ion channel / ELIC 分子量: 35281.191 Da / 分子数: 10 / 変異: F16S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dickeya chrysanthemi (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C7B7
#2: 化合物	ChemComp-377 / Memantine / メマンチン分子量: 179.302 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁N / コメント: 薬剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.24 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.47 Å / Num. obs: 93823 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 13615 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: 2vl0

2vl0

解像度: 3.2→48.634 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	4703	5.02 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.2017	93729	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24970	0	156	0	25126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	25820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.71	35274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.312	9200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	3938
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	4460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.2365	0.378	137	0.329	2930	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2365-3.2746	0.3769	157	0.3276	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2746-3.3145	0.3531	140	0.3107	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3145-3.3564	0.3518	158	0.2964	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3564-3.4006	0.3098	145	0.2774	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4006-3.4472	0.2938	134	0.2625	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4472-3.4964	0.3248	156	0.2489	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4964-3.5486	0.313	148	0.2555	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5486-3.604	0.3119	165	0.2476	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.604-3.6631	0.3033	152	0.2319	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6631-3.7262	0.2837	155	0.2161	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7262-3.7939	0.2658	158	0.2087	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7939-3.8669	0.2758	178	0.2023	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8669-3.9458	0.2714	165	0.1897	2961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9458-4.0315	0.2457	165	0.1836	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0315-4.1253	0.246	156	0.1741	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1253-4.2284	0.2176	164	0.17	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2284-4.3426	0.1852	139	0.1603	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3426-4.4703	0.2183	171	0.1408	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4703-4.6145	0.2049	169	0.1435	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6145-4.7793	0.1645	141	0.1373	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7793-4.9705	0.2414	155	0.1544	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9705-5.1964	0.2258	178	0.1599	2941	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1964-5.4701	0.2163	159	0.1591	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4701-5.8123	0.2242	162	0.1701	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8123-6.2602	0.2386	149	0.1805	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2602-6.8886	0.2742	183	0.2085	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8886-7.8817	0.2686	172	0.1943	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8817-9.9163	0.1996	144	0.1803	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9163-48.6397	0.2949	148	0.2661	2977	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4918	-0.1614	-0.2287	2.5485	1.8785	5.4581	0.169	-0.038	-0.1257	0.3111	-0.1022	0.6053	0.13	-0.8964	0.0725	0.7218	-0.0757	0.1239	0.7894	0.0221	0.8199	-122.5273	-50.5395	-44.8272
2	0.6691	-0.2473	-0.4423	2.2942	1.859	5.8823	-0.0122	-0.0216	-0.091	0.1392	0.0255	0.0373	0.3263	-0.143	0.0294	0.9758	0.0482	0.1219	0.4574	0.0178	0.7997	-102.4819	-62.7517	-39.9524
3	1.2797	-0.1867	-1.8414	1.2511	0.4292	7.1246	0.0173	-0.0927	0.013	-0.1269	0.0641	-0.4544	0.2526	0.7059	-0.1766	0.6465	0.0899	0.0324	0.4682	-0.0163	0.7984	-83.9206	-47.6493	-41.3503
4	0.776	-0.3501	-1.2339	0.7361	0.8878	5.4649	0.1643	-0.0929	0.1774	-0.1248	0.0884	-0.1964	-0.1821	0.3239	-0.2376	0.9706	0.0667	0.303	0.5629	-0.0212	0.9297	-92.3547	-25.8057	-46.9126
5	0.6958	0.1323	0.5789	1.566	0.412	6.6057	0.2344	-0.0092	0.2525	0.098	0.0379	0.2511	-0.9109	-0.5649	-0.2102	0.9022	0.1841	0.2045	0.7318	0.1252	0.8456	-116.3479	-27.6837	-49.0541
6	5.6014	1.0096	0.267	1.5081	0.114	1.1014	-0.034	-0.6496	0.0317	0.4339	-0.0129	-0.1504	0.0853	-0.1042	0.0232	0.8873	0.067	0.1357	0.6763	-0.0024	0.9297	-80.5633	-119.2087	-17.5019
7	6.9627	2.848	1.23	2.047	0.4587	0.9386	-0.2542	0.1021	-0.5166	-0.1806	0.1552	-0.18	0.1715	0.1462	0.0369	0.8896	0.0295	0.2532	0.5532	-0.0191	0.956	-76.8013	-129.6404	-38.9244
8	7.8579	0.5046	1.8122	1.4264	0.0105	1.1328	0.0111	0.6518	-0.4107	-0.345	0.0683	-0.2287	0.1159	0.1912	-0.1012	0.8923	-0.0759	0.2067	0.4952	-0.06	0.8695	-79.2663	-113.0286	-56.0894
9	8.103	1.4117	0.8188	1.4828	-0.0609	0.8498	-0.3159	0.1382	0.1879	-0.2826	0.1512	-0.4885	-0.1984	0.2028	0.1666	0.8114	0.0077	0.1282	0.4899	0.0145	1.0646	-84.7063	-92.1828	-45.2875
10	4.5891	0.7549	-0.6671	1.078	-0.6474	0.9502	-0.2692	-0.6099	0.4052	0.4785	0.0757	0.1886	-0.1534	-0.058	0.2116	0.934	0.119	0.0949	0.6958	-0.2428	1.1907	-85.5672	-96.0896	-21.4784

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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