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- PDB-4twd: X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erw... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4twd | ||||||
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Title | X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine | ||||||
![]() | Cys-loop ligand-gated ion channel | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ELIC / LGIC / cys-loop / channel / memantine / pore blocker | ||||||
Function / homology | ![]() extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Lu, H. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Prokaryote Ligand-Gated Ion Channel ELIC Captured in a Pore Blocker-Bound Conformation by the Alzheimer's Disease Drug Memantine. Authors: Ulens, C. / Spurny, R. / Thompson, A.J. / Alqazzaz, M. / Debaveye, S. / Han, L. / Price, K. / Villalgordo, J.M. / Tresadern, G. / Lynch, J.W. / Lummis, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 555 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 671.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 114 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 150 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4twfC ![]() 4twhC ![]() 2vl0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35281.191 Da / Num. of mol.: 10 / Mutation: F16S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-377 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Sep 25, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→49.47 Å / Num. obs: 93823 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 13615 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING Starting model: 2vl0 Resolution: 3.2→48.634 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→48.634 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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