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- PDB-4rzm: Crystal structure of the Lsd19-lasalocid A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rzm
タイトルCrystal structure of the Lsd19-lasalocid A complex
要素Epoxide hydrolase LasB
キーワードISOMERASE / NTF2-like fold / epoxide-opening cyclic ether formation / isomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内リアーゼ; - / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Lasalocid A / Epoxide hydrolase LasB
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Hotta, K. / Chen, X. / Kim, C.-Y.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Epoxide hydrolase-lasalocid a structure provides mechanistic insight into polyether natural product biosynthesis.
著者: Wong, F.T. / Hotta, K. / Chen, X. / Fang, M. / Watanabe, K. / Kim, C.Y.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase LasB
B: Epoxide hydrolase LasB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,92018
ポリマ－61,0822
非ポリマー1,83816
水2,684149
1
A: Epoxide hydrolase LasB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3857
ポリマ－30,5411
非ポリマー8446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epoxide hydrolase LasB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,53511
ポリマ－30,5411
非ポリマー99410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Epoxide hydrolase LasB
B: Epoxide hydrolase LasB
ヘテロ分子

A: Epoxide hydrolase LasB
B: Epoxide hydrolase LasB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,84036
ポリマ－122,1634
非ポリマー3,67732
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area11380 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area43450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.140, 140.140, 198.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-310-

CL

21A-445-

HOH

31A-477-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: -2 - 280 / Label seq-ID: 1 - 283

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase LasB / Lasalocid biosynthesis protein Lsd19


分子量: 30540.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lasaliensis (バクテリア)
遺伝子: lasB, lsd19 / プラスミド: pCold1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B6ZK72, 異性化酵素; 分子内リアーゼ; -

-
非ポリマー , 6種, 165分子

#2: 化合物 ChemComp-LSD / Lasalocid A / 6-[(3R,4S,5S,7R)-7-{(2S,3S,5S)-5-ethyl-5-[(2R,5R,6S)-5-ethyl-5-hydroxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl]-3-methyltetrahydrofuran-2-yl}-4-hydroxy-3,5-dimethyl-6-oxononyl]-2-hydroxy-3-methylbenzoic acid / ラサロシド


分子量: 590.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H54O8 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.16 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.65 M sodium formate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→38.16 Å / Num. all: 42332 / Num. obs: 42332 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.95
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.979 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 3074 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RGA

3rga


解像度: 2.33→38.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 10.395 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20671 2137 5 %RANDOM
Rwork0.17734 ---
obs0.17887 40197 99.79 %-
all-42337 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å20 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→38.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4216 0 124 149 4489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0194422
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.83826018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18437304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1255556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.25121.72186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44615677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5191556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9691 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 157 -
Rwork0.257 2695 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.82890.2938-1.81691.3257-0.7473.2290.1190.11690.0975-0.079-0.0203-0.1282-0.13030.1119-0.09880.0276-0.02190.00030.0580.03120.053121.919320.992943.0919
22.45040.1429-0.71931.2385-0.08382.8172-0.07480.33050.05810.00050.02940.2078-0.0421-0.39320.04540.0245-0.0295-0.03520.11280.04370.08850.672717.480144.7871
31.04410.48350.11222.8262-0.9561.54970.0458-0.10840.12850.3610.04950.1743-0.2248-0.122-0.09520.08670.00750.06080.0313-0.01770.0649-19.189-8.495977.3574
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3B-2 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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