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- PDB-4rx8: SYK Catalytic Domain Complexed with a Potent Triazine Inhibitor2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rx8
タイトルSYK Catalytic Domain Complexed with a Potent Triazine Inhibitor2
要素Tyrosine-protein kinase SYK
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of interleukin-3 production / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / positive regulation of mast cell cytokine production ...interleukin-15 receptor binding / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonate secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of interleukin-3 production / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / positive regulation of mast cell cytokine production / serotonin secretion by platelet / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell degranulation / lymph vessel development / regulation of platelet activation / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / positive regulation of killing of cells of another organism / macrophage activation involved in immune response / beta selection / regulation of phagocytosis / cellular response to molecule of fungal origin / early phagosome / FLT3 signaling through SRC family kinases / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Interleukin-2 signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / T cell receptor complex / mast cell degranulation / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of interleukin-4 production / Dectin-2 family / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of receptor internalization / phospholipase binding / amyloid-beta clearance / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / FCGR activation / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of bone resorption / phosphatase binding / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signaling by CSF3 (G-CSF) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of TORC1 signaling / neutrophil chemotaxis / positive regulation of calcium-mediated signaling / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Integrin signaling / B cell differentiation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / positive regulation of superoxide anion generation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of interleukin-8 production / integrin-mediated signaling pathway / Regulation of signaling by CBL / FCERI mediated MAPK activation / animal organ morphogenesis / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / calcium-mediated signaling / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / receptor internalization / platelet activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of interleukin-6 production / peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein import into nucleus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / : / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3YX / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Lee, C.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery and profiling of a selective and efficacious syk inhibitor.
著者: Thoma, G. / Smith, A.B. / van Eis, M.J. / Vangrevelinghe, E. / Blanz, J. / Aichholz, R. / Littlewood-Evans, A. / Lee, C.C. / Liu, H. / Zerwes, H.G.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase SYK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2204
ポリマ－33,6701
非ポリマー5513
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.955, 85.333, 89.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase SYK / Spleen tyrosine kinase / p72-Syk


分子量: 33669.762 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain residues 356-635 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43405, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-3YX / 3-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-5-(1H-indol-7-ylamino)-1,2,4-triazine-6-carboxamide


分子量: 366.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N8O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium formate, pH 7.3, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 42157 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.943 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.59-1.624.40.60820230.951198.3
1.62-1.654.80.52320920.97199.9
1.65-1.684.80.4720760.9821100
1.68-1.714.80.40420810.9921100
1.71-1.754.80.33320800.971100
1.75-1.794.80.28220850.9341100
1.79-1.844.80.22820800.9091100
1.84-1.894.90.20220940.9171100
1.89-1.944.80.16220931.0781100
1.94-24.90.13721141.0351100
2-2.074.90.11620761.0171100
2.07-2.164.90.10320950.9441100
2.16-2.264.80.09321090.9221100
2.26-2.384.90.08521270.861100
2.38-2.524.80.07821120.813199.9
2.52-2.724.80.07421160.7821100
2.72-2.994.80.07921330.9121100
2.99-3.434.80.07321670.8661100
3.43-4.324.60.04721821.287199.8
4.32-504.40.03622220.733196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→31.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9548 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9358 / SU R Cruickshank DPI: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 1939 4.88 %RANDOM
Rwork0.1739 ---
obs0.1755 39738 94.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.39 Å2 / Biso mean: 21.59 Å2 / Biso min: 5.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9283 Å20 Å20 Å2
2---0.6802 Å20 Å2
3----0.2481 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.192 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→31.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 39 227 2393
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d774SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes324HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2249HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion273SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies7HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2840SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2249HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3047HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.39
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 77 4.39 %
Rwork0.1933 1677 -
all0.1947 1754 -
obs--94.62 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.97 Å / Origin y: 10.6978 Å / Origin z: 19.477 Å
111213212223313233
T-0.0356 Å2-0.0158 Å20.0119 Å2--0.0425 Å20.0026 Å2---0.0424 Å2
L1.3962 °2-0.4146 °2-0.6777 °2-1.2925 °2-0.0513 °2--0.7335 °2
S-0.0025 Å °-0.0692 Å °0.0355 Å °-0.0119 Å °0.01 Å °0.0091 Å °0.0377 Å °0.0506 Å °-0.0075 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 364 through 638 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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