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万見
- PDB-4rt7: Crystal Structure of FLT3 with a small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rt7
タイトルCrystal Structure of FLT3 with a small molecule inhibitor
要素Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE INHIBITOR / COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / pro-B cell differentiation / lymphocyte proliferation / common myeloid progenitor cell proliferation / dendritic cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / nuclear glucocorticoid receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / myeloid progenitor cell differentiation / cellular response to glucocorticoid stimulus / cytokine receptor activity / : / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / cellular response to cytokine stimulus / growth factor binding / hemopoiesis / PI3K Cascade / animal organ regeneration / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P30 / Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, C.
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2015
タイトル: Characterizing and Overriding the Structural Mechanism of the Quizartinib-Resistant FLT3 "Gatekeeper" F691L Mutation with PLX3397.
著者: Smith, C.C. / Zhang, C. / Lin, K.C. / Lasater, E.A. / Zhang, Y. / Massi, E. / Damon, L.E. / Pendleton, M. / Bashir, A. / Sebra, R. / Perl, A. / Kasarskis, A. / Shellooe, R. / Tsang, G. / ...著者: Smith, C.C. / Zhang, C. / Lin, K.C. / Lasater, E.A. / Zhang, Y. / Massi, E. / Damon, L.E. / Pendleton, M. / Bashir, A. / Sebra, R. / Perl, A. / Kasarskis, A. / Shellooe, R. / Tsang, G. / Carias, H. / Powell, B. / Burton, E.A. / Matusow, B. / Zhang, J. / Spevak, W. / Ibrahim, P.N. / Le, M.H. / Hsu, H.H. / Habets, G. / West, B.L. / Bollag, G. / Shah, N.P.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7612
ポリマ－48,2001
非ポリマー5611
水181
1
A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子

A: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5224
ポリマ－96,4012
非ポリマー1,1212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area1460 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.880, 78.880, 138.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 48200.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-P30 / 1-(5-tert-butyl-1,2-oxazol-3-yl)-3-(4-{7-[2-(morpholin-4-yl)ethoxy]imidazo[2,1-b][1,3]benzothiazol-2-yl}phenyl)urea / Quizartinib, PLX3397 / キザルチニブ


分子量: 560.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32N6O4S / コメント: 薬剤, 抗がん剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Na-Citrate, pH5.5 and 20% PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月25日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→61.253 Å / Num. all: 9504 / Num. obs: 8651 / % possible obs: 91.02 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→61.253 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2677 868 10.03 %RANDOM
Rwork0.2185 ---
obs0.2236 8651 91.02 %-
all-9504 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.74 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5825 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.5825 Å2-0 Å2
3----11.165 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→61.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2180 0 40 1 2221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8983082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.769821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1003-3.29450.34261180.28921149X-RAY DIFFRACTION81
3.2945-3.54880.30461420.25721206X-RAY DIFFRACTION87
3.5488-3.90590.26431410.22861285X-RAY DIFFRACTION91
3.9059-4.4710.22541490.19441304X-RAY DIFFRACTION93
4.471-5.63240.23571520.18821375X-RAY DIFFRACTION95
5.6324-61.2650.291660.21351464X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -31.283 Å / Origin y: 11.5004 Å / Origin z: -14.5792 Å
111213212223313233
T0.3954 Å2-0.041 Å2-0.0568 Å2-0.2457 Å20.0147 Å2--0.3161 Å2
L3.7078 °20.6516 °2-2.1659 °2-0.6017 °2-0.2562 °2--3.6208 °2
S0.0955 Å °0.0378 Å °-0.218 Å °0.0905 Å °-0.0915 Å °0.0215 Å °0.3276 Å °-0.1512 Å °-0.0322 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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