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- PDB-4r5p: Crystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r5p
タイトルCrystal structure of HIV-1 reverse transcriptase (RT) with DNA and a nucleoside triphosphate mimic alpha-carboxy nucleoside phosphonate inhibitor
要素
  • (HIV-1 reverse transcriptase, ...) x 2
  • 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'
キーワードTRANSFERASE / HYDROLASE/DNA/INHIBITOR / Zidovudine / RT-DNA complex / AIDS / DNA-directed DNA polymerase / RN lipoprotein / HIV / metal-binding / alpha-CNP / ribonuclease H / RNAse H / A-CNP / multifunctional enzyme / nucleotidyltransferase / RNA-directed polymerase / HYDROLASE-DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase / RNA stem-loop binding / viral penetration into host nucleus / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / Chem-3JY / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Das, K. / Martinez, S.E. / Arnold, E.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Alpha-carboxy nucleoside phosphonates as universal nucleoside triphosphate mimics.
著者: Balzarini, J. / Das, K. / Bernatchez, J.A. / Martinez, S.E. / Ngure, M. / Keane, S. / Ford, A. / Maguire, N. / Mullins, N. / John, J. / Kim, Y. / Dehaen, W. / Vande Voorde, J. / Liekens, S. / ...著者: Balzarini, J. / Das, K. / Bernatchez, J.A. / Martinez, S.E. / Ngure, M. / Keane, S. / Ford, A. / Maguire, N. / Mullins, N. / John, J. / Kim, Y. / Dehaen, W. / Vande Voorde, J. / Liekens, S. / Naesens, L. / Gotte, M. / Maguire, A.R. / Arnold, E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: HIV-1 reverse transcriptase complex with DNA and nevirapine reveals non-nucleoside inhibition mechanism.
著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Arnold, E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the role of the K65R mutation in HIV-1 reverse transcriptase polymerization, excision antagonism, and tenofovir resistance.
著者: Das, K. / Bandwar, R.P. / White, K.L. / Feng, J.Y. / Sarafianos, S.G. / Tuske, S. / Tu, X. / Clark, A.D. / Boyer, P.L. / Hou, X. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Miller, M.D. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of HIV-1 resistance to AZT by excision.
著者: Tu, X. / Das, K. / Han, Q. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Hou, X. / Frenkel, Y.V. / Gaffney, B.L. / Jones, R.A. / Boyer, P.L. / Hughes, S.H. / Sarafianos, S.G. / Arnold, E.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: High-resolution structures of HIV-1 reverse transcriptase/TMC278 complexes: strategic flexibility explains potency against resistance mutations.
著者: Das, K. / Bauman, J.D. / Clark, A.D. / Frenkel, Y.V. / Lewi, P.J. / Shatkin, A.J. / Hughes, S.H. / Arnold, E.
#5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structures of HIV-1 RT-RNA/DNA ternary complexes with dATP and nevirapine reveal conformational flexibility of RNA/DNA: insights into requirements for RNase H cleavage.
著者: Das, K. / Martinez, S.E. / Bandwar, R.P. / Arnold, E.
履歴
登録2014年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit
C: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit
B: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit
D: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit
T: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'
P: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'
E: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,54019
ポリマ－257,8898
非ポリマー1,65111
水1086
1
A: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit
B: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit
T: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'
P: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7229
ポリマ－128,9454
非ポリマー7775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14120 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area47850 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit
D: HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit
E: 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,81810
ポリマ－128,9454
非ポリマー8746
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14290 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area48120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.905, 133.529, 139.218
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
HIV-1 reverse transcriptase, ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 HIV-1 reverse transcriptase, p66 subunit


分子量: 64022.414 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 600-1153 / 変異: Q258C, C280S, D498N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H
#2: タンパク質 HIV-1 reverse transcriptase, p51 subunit


分子量: 50039.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 600-1027 / 変異: C280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF

#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*CP*GP*AP*AP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*G)-3'


分子量: 8392.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*(MRG)P*CP*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 6490.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
糖 , 1種, 2分子

#5: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 15分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-3JY / [(1R)-2-methoxy-1-{[(1S,3R)-3-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)cyclopentyl]oxy}-2-oxoethyl]phosphonic acid


分子量: 362.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N2O8P
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 10% PEG8000, 100 mM ammonium sulfate, 5% w/v sucrose, 5% w/v glycerol, 20 mM magnesium chloride, 50 mM Bis-Tris propane, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.894→50 Å / Num. all: 72420 / Num. obs: 72131 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.894→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique all: 3540 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V4I

3v4i


解像度: 2.894→44.536 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 2151 2.98 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
all0.1965 72420 --
obs0.1965 72084 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.894→44.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15801 1804 103 6 17714
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01218371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.51425322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0227066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1122767
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.894-2.96170.35031350.3084381X-RAY DIFFRACTION94
2.9617-3.03570.33951420.28874650X-RAY DIFFRACTION99
3.0357-3.11780.30961410.28124641X-RAY DIFFRACTION100
3.1178-3.20950.3391510.2694698X-RAY DIFFRACTION100
3.2095-3.31310.3181570.25774646X-RAY DIFFRACTION100
3.3131-3.43140.27671410.23654674X-RAY DIFFRACTION100
3.4314-3.56880.2851300.21554675X-RAY DIFFRACTION100
3.5688-3.73110.26391570.20324688X-RAY DIFFRACTION100
3.7311-3.92770.23581380.19144696X-RAY DIFFRACTION100
3.9277-4.17360.25411360.17844702X-RAY DIFFRACTION100
4.1736-4.49560.2191480.17474689X-RAY DIFFRACTION100
4.4956-4.94750.23661400.16464686X-RAY DIFFRACTION100
4.9475-5.66220.22741280.17154732X-RAY DIFFRACTION100
5.6622-7.1290.24451600.19174710X-RAY DIFFRACTION100
7.129-44.54080.19641470.14994665X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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