[日本語] English
万見
- PDB-4r3u: Crystal structure of 2-Hydroxyisobutyryl-CoA Mutase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r3u
タイトルCrystal structure of 2-Hydroxyisobutyryl-CoA Mutase
要素(2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase ...) x 2
キーワードISOMERASE / TIM Rossmann fold / mutase / CoA
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / methylmalonyl-CoA mutase activity / cobalamin binding / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. ...Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase, alpha/beta chain, catalytic / Methylmalonyl-CoA mutase / Methylmalonyl-CoA mutase, C-terminal / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / Chem-3KK / 5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit / 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Aquincola tertiaricarbonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zahn, M. / Kurteva-Yaneva, N. / Rohwerder, T. / Straeter, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural basis of the stereospecificity of bacterial B12-dependent 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase.
著者: Kurteva-Yaneva, N. / Zahn, M. / Weichler, M.T. / Starke, R. / Harms, H. / Muller, R.H. / Strater, N. / Rohwerder, T.
履歴
登録2014年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
B: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
C: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
D: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,44711
ポリマ－166,1214
非ポリマー6,3267
水3,873215
1
A: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
C: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
ヘテロ分子

A: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
C: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,69812
ポリマ－166,1214
非ポリマー6,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area21820 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area44810 Å2
手法PISA
2
B: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
D: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
ヘテロ分子

B: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit
D: 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,19610
ポリマ－166,1214
非ポリマー6,0756
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area20850 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area44680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.030, 119.560, 173.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase large subunit


分子量: 66007.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquincola tertiaricarbonis (バクテリア)
遺伝子: hcmA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I3VE77, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 2-hydroxyisobutyryl-CoA mutase small subunit


分子量: 17052.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquincola tertiaricarbonis (バクテリア)
遺伝子: hcmB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3VE74

-
非ポリマー , 5種, 222分子

#3: 化合物 ChemComp-3HC / 3-HYDROXYBUTANOYL-COENZYME A / 3-HYDROXYBUTYRYL-COENZYME A / (S)-3-ヒドロキシブチリルコエンザイムA


分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O18P3S
#4: 化合物 ChemComp-3KK / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate / 2-Hydroxyisobutyryl-Coenzyme A


分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H42N7O18P3S
#5: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3
#6: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.63 Å / Num. obs: 48815 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 43.67 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→24.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8678 / SU R Cruickshank DPI: 0.795 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 1519 3.11 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.1696 48813 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.5753 Å20 Å211.797 Å2
2--2.3185 Å20 Å2
3---15.2568 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.353 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10773 0 416 215 11404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111414HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1715518HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4107SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes287HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1677HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11414HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1514SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance96HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14006SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 114 3.15 %
Rwork0.207 3510 -
all0.2086 3624 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.410.18290.21890.9729-0.16151.76050.13740.055-0.0897-0.2297-0.10780.00030.39970.0699-0.0296-0.21990.0860.09690.0194-0.0216-0.029933.3259-7.010568.8097
21.29560.05950.46541.76920.34292.03780.03490.2859-0.0342-0.4958-0.0615-0.0974-0.09250.40480.0265-0.13360.09450.15140.09230.0705-0.101740.123510.02847.6372
31.0503-0.0301-0.52770.5310.24031.4152-0.1299-0.153-0.1104-0.1315-0.00330.0993-0.2517-0.03070.13320.31020.0684-0.1392-0.3040.006-0.292123.592619.079514.595
40.5676-0.3353-0.191200.15811.7483-0.01-0.27280.1902-0.4331-0.0146-0.02-0.4908-0.24680.02460.31030.1537-0.1422-0.2385-0.0773-0.15196.119536.078728.3454
50.1608-0.97720.86911.4081-0.61252.81860.0651-0.03320.0043-0.285-0.06160.081-0.063-0.5303-0.0035-0.18530.09460.04920.1402-0.0390.029910.49729.734955.183
62.9919-0.5335-0.06212.1052-0.45113.6896-0.0683-0.15430.1574-0.2118-0.12580.2816-0.5501-0.45460.1941-0.16860.15440.02640.0553-0.11220.01411.821419.520362.1961
70.0797-0.1085-1.86481.7676-1.7860.81260.0057-0.23830.104-0.0368-0.06540.0696-0.10270.11390.05970.3102-0.0475-0.1388-0.0305-0.1497-0.310234.24135.340437.6735
8-0.1188-1.11052.73767.54061.02062.70790.0428-0.2280.2746-0.106-0.0523-0.0239-0.21760.1970.00950.3102-0.1485-0.1388-0.2396-0.1552-0.310237.354145.313433.0368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - A|476}A2 - 476
2X-RAY DIFFRACTION2{A|477 - A|558}A477 - 558
3X-RAY DIFFRACTION3{B|2 - B|474}B2 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4{B|475 - B|558}B475 - 558
5X-RAY DIFFRACTION5{C|3 - C|57}C3 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6{C|58 - C|133}C58 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7{D|4 - D|53}D4 - 53
8X-RAY DIFFRACTION8{D|54 - D|132}D54 - 132

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る