PDB-4qme: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qme

タイトル

Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphinic dipeptide analogue LL-(R,S)-hPheP[CH2]Phe

要素

Aminopeptidase N

キーワード

HYDROLASE / APN / alanine aminopeptidase / M1 peptidase / 3-{[(R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl}-(S)-2-benzylpropanoic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane alanyl aminopeptidase / alanyl aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Nocek, B. / Vassilious, S. / Mulligan, R. / Berlicki, L. / Mucha, A. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-guided, single-point modifications in the phosphinic dipeptide structure yield highly potent and selective inhibitors of neutral aminopeptidases.
著者: Vassiliou, S. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Paweczak, M. / Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Mucha, A.

履歴

登録	2014年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qme.cif.gz	530.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qme.ent.gz	441.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qme.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/4qme	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qhpC 4qirC 4qpeC 4quoC 2gtqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pw4-d 4pu2-d 4pvb-d 5dyf-d 4qir-d 4xo4-d 4quo-d 4xmw-d 3ebi-d 5y1w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminopeptidase N

ヘテロ分子

99.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	224.000, 224.000, 57.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Aminopeptidase N 分子量: 98512.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis MC58 (髄膜炎菌) 遺伝子: pepN, NMB1416 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JYV4, membrane alanyl aminopeptidase

-
非ポリマー , 6種, 1176分子

#2: 化合物	ChemComp-37B / (2S)-3-[(S)-[(1R)-1-amino-3-phenylpropyl](hydroxy)phosphoryl]-2-benzylpropanoic acid 分子量: 361.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄NO₄P
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / イミダゾリウム分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.63 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 141851 / Num. obs: 141851 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1639)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GTQ

2gtq

解像度: 1.601→32.332 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.97 / σ(I): 2 / 位相誤差: 16.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1721	6999	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1436	-	-	-
all	0.15	146300	-	-
obs	0.1451	139291	97.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→32.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6856	0	83	1163	8102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7174
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.296	9750
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.694	2640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1275

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.601-1.6192	0.2149	147	0.1969	2970	X-RAY DIFFRACTION	66
1.6192-1.6382	0.2326	194	0.1927	3901	X-RAY DIFFRACTION	87
1.6382-1.6582	0.2162	231	0.1929	4281	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6582-1.6792	0.235	232	0.1839	4381	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6792-1.7013	0.2128	236	0.1815	4528	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7013-1.7246	0.2192	227	0.1765	4453	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7246-1.7492	0.2237	235	0.1747	4542	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7492-1.7753	0.2035	238	0.1731	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7753-1.8031	0.1965	269	0.1674	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8031-1.8326	0.2043	231	0.1653	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8326-1.8642	0.1924	221	0.1597	4549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8642-1.8981	0.1632	229	0.1553	4504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8981-1.9346	0.202	232	0.1561	4500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9346-1.9741	0.2166	256	0.1546	4461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9741-2.017	0.1916	265	0.1515	4478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.017-2.0639	0.1852	245	0.1495	4491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0639-2.1156	0.1779	228	0.1449	4481	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1156-2.1727	0.1637	242	0.1397	4486	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1727-2.2367	0.1562	227	0.1355	4526	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2367-2.3088	0.16	250	0.1326	4488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3088-2.3913	0.1578	234	0.1351	4514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3913-2.487	0.1614	233	0.1306	4496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.487-2.6002	0.1643	262	0.1365	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6002-2.7372	0.1633	232	0.1374	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7372-2.9086	0.1545	225	0.1425	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9086-3.133	0.1827	223	0.1408	4518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.133-3.448	0.1553	248	0.1373	4484	X-RAY DIFFRACTION	99
3.448-3.9461	0.1371	250	0.1211	4385	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9461-4.9688	0.1432	225	0.1144	4385	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9688-32.3382	0.1886	232	0.1542	4522	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6207	0.102	0.31	0.4812	0.0856	1.1628	-0.0445	0.0063	0.0133	-0.0136	-0.017	-0.0806	-0.1925	0.104	0.0301	0.1457	-0.0086	-0.0343	0.0573	0.0024	0.1089	28.6423	50.3302	-30.0853
2	0.2683	0.033	0.0209	0.5883	0.091	1.186	-0.0419	-0.0409	0.0301	0.0555	-0.0297	0.1382	-0.2103	-0.3498	0.0347	0.1385	0.0832	-0.0221	0.1643	-0.0313	0.127	-2.7387	48.4173	-17.7194
3	1.9113	-0.0738	0.4379	1.3818	-0.3023	1.0183	0.0126	-0.2701	-0.0502	0.2685	-0.0568	0.2394	0.1461	-0.6776	-0.0239	0.2383	-0.1009	0.0919	0.4145	-0.0872	0.2106	-16.4145	26.5711	-2.2748
4	0.6086	0.259	0.1147	0.7221	0.1267	1.1932	-0.0145	-0.0339	-0.0347	0.0605	-0.0343	0.0789	0.1596	-0.371	0.0337	0.1375	-0.0583	0.0126	0.1731	-0.0272	0.1693	-9.0406	19.6785	-18.326
5	1.5106	0.1424	0.2382	1.9329	-0.7126	2.4608	-0.0011	0.0097	-0.0955	0.0334	-0.0187	-0.0117	0.0486	-0.0174	0.0193	0.1252	-0.0149	-0.0069	0.0344	-0.0151	0.1204	11.1349	19.8675	-19.8855
6	1.8507	0.9527	-0.8933	1.451	-0.2844	2.2203	-0.0065	-0.0466	0.0189	0.0751	-0.0386	0.0067	0.1054	0.0366	0.0506	0.1236	0.0229	-0.0198	0.0552	0.0048	0.0991	17.2735	28.7199	-3.9476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 190 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 191 through 555 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 556 through 599 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 600 through 736 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 737 through 789 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 790 through 867 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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